Elle présente un plan à nef unique avec des chapelles entre les contreforts, sans communication entre elles. La voûte de la nef centrale est une voûte en berceau, reposant sur des arcs doubleaux qui reposent eux-mêmes sur de belles pilastres. La chapelle majeure est précédée d'un grand arc où se distingue le blason de l'évêque Don Antonio Brizuela y Salamanca. Le presbytère est couvert d'une intéressante coupole pseudo-ovale sur pendentifs, réalisée au XVIIe siècle. Aux pieds de l'édifice se trouve le chœur, en hauteur, soutenu par deux colonnes, ainsi que le clocher. Le retable original du maître-autel, dont seul le corps de l'attique est conservé dans son intégralité, est une œuvre baroque, également exécutée dans la seconde moitié du XVIIe siècle, bien que dorée en 1737 par les maîtres Manuel Pancorbo et Antonio Clavijo. Il présente une structure à trois travées séparées par des colonnes salomoniques et un attique abritant l'image d'un Christ en croix. Cette église compte sept chapelles latérales traditionnellement liées à des familles. Pendant la guerre civile disparurent les retables d'origine et surtout la riche imagerie de ses autels. • Chapelle de San José • Chapelle de Nuestra Señora de los Dolores • Chapelle de San Antonio • Chapelle de María Auxiliadora • Chapelle des Âmes • Chapelle de la Veracruz • Chapelle du Señor de la Columna

La vénération populaire du Christ titulaire est liée à une mortelle épidémie de peste qui ravagea la localité en 1833, jusqu'à ce que les habitants décident de porter l'image du Crucifié en procession, ce qui fit reculer l'épidémie et guérir les malades. En action de grâce, l'ermitage fut réaménagé, ses éléments d'intérêt étant le portail à arc en plein cintre en pierre de taille et le clocher-mur à un seul niveau, et l'on changea le vocable de son titulaire.

Vers le XVIIIe siècle fut construit l'ermitage de la Vierge d'Atocha sur les vestiges d'un cimetière. On ne connaît pas avec précision la date ni l'année de son apparition, mais celle-ci est liée à celle de la Vierge d'Atocha de Madrid, les deux se référant à la même Vierge. L'histoire remonte à un passé lointain, car la tradition orale raconte qu'un jour la grande Dame apparut à l'endroit où se trouve aujourd'hui son ermitage. Voyant qu'il s'agissait de la Vierge d'Atocha vénérée à Madrid, les habitants décidèrent de la ramener dans la capitale espagnole. Elle réapparut au même endroit, et on la ramena de nouveau à Madrid, et ainsi de suite, jusqu'à ce qu'on décide de la laisser ici, car elle semblait ne pas vouloir quitter Villardompardo — et c'est ainsi que fut construit son ermitage. Au fil des ans, tous les habitants de Villardompardo en vinrent à l'adorer et à lui vouer une grande foi.

De part et d'autre, deux fenêtres circulaires évasées aux contours polylobés embellissent la façade, qui se termine par une moulure continue menant à l'avant-toit. Au pied de l'édifice se dresse un corps vertical mis en valeur, couronné par un clocher-mur qui domine en hauteur l'ensemble de l'église, articulé en deux corps pour les cloches : le premier avec deux baies à arcs en plein cintre et le second avec une baie couronnée d'un petit fronton portant une croix à son sommet. Dans la partie basse, une petite porte aux grands claveaux, et dans son axe une fenêtre à arc en plein cintre surhaussé, verticalisent et marquent la symétrie de ce corps. Elle se situe sur une petite place charmante, la Plaza de la Constitución, en hauteur par rapport à son environnement, délimitée à l'extérieur par un parvis à piliers de pierre couronnés de boules et reliés par une balustrade en fer forgé. En faisant l'angle, à l'extérieur, se trouve une coquette fontaine en pierre portant l'emblème de l'ordre de Calatrava et couronnée de moulures brisées et mixtilignes au goût baroque.

Son plan présente trois nefs, la centrale étant la plus large. Les piliers séparant les nefs ont des plans différents, et les arcs reliant la nef centrale aux nefs latérales sont en plein cintre, sauf dans la zone gothique du presbytère où, naturellement, ils sont brisés. Une voûte en berceau couvre les trois travées de la nef centrale, parcourue par une corniche et rythmée par de faux arcs doubleaux reposant sur des contreforts. Le presbytère, construit au XIVe siècle, est en pierre de taille et pierre équarrie, bien que partiellement, et couvert d'une voûte à tiercerons avec diagonales et lierne. Le passage de la nef au presbytère est souligné par un grand arc triomphal brisé, orné de tores et de chapiteaux gothiques décorés de nards. Contrastant par sa contemporanéité, la sacristie se situe au début du côté gauche, équilibrée du côté opposé par une chapelle. Aux pieds de l'église s'élève le chœur, sur colonnes salomoniques, avec balustrade également en bois et trois arcs en anse de panier.

Elle présente une seule nef de plan rectangulaire en forme de croix latine, flanquée de chapelles latérales et présidée par un presbytère sans abside. L'édifice est couvert d'un plafond à caissons mudéjar à la structure simple de chevrons et entraits, avec cinq tirants ornés d'entrelacs reposant sur des corbeaux et qui, sous le chœur, s'appuient sur une poutre transversale soutenue par une colonne ionique et une console en bois décorée de grandes feuilles d'acanthe. Dans cette même ligne de sobriété fut construit, un siècle plus tard, le portail latéral : une baie à linteau avec pilastres toscans, dépourvue d'éléments décoratifs. Pendant la guerre civile, le retable en bois qui présidait le Señor de las Aguas fut détruit, et en 1949 un autre lui fut substitué, présidé par le Señor de la Capilla, nom sous lequel cette église est également connue. L'actuel clocher, qui remplace un clocher-mur effondré au début du XXe siècle, fut érigé en 1956-57 sur une base carrée en forme prismatique, avec un premier corps présentant sur ses faces des oculi disposés verticalement, encadrés par une moulure commune ; le second corps, de plus petites dimensions, octogonal, doté de pinacles aux angles et de paires d'arcs en plein cintre pour les cloches, est couronné par une flèche pyramidale.