El volumen construido, que descansa sobre sótano con bóvedas de piedra, es de dos plantas comunicadas por una escalera que arranca desde una esquina del patio. Los muros son de ripio y tapial de notable espesor; los forjados de rollizos y en la configuración del patio principal se emplearon jácenas de gran escuadría. El sistema de cubrición es también leñoso, con armaduras de parhilera y de limas bajo teja árabe.

En el centro de la construcción se sitúa el patio principal, existiendo otro secundario o huerto en la parte trasera. El patio principal, de planta cuadrada, se halla reducido visualmente de sus proporciones originales al añadírsele tabiques que permitieron proteger dos de las galerías y habilitar como habitación una tercera, quedando hoy solo expedita la panda norte. Como consecuencia de dichas modificaciones, se alteraron los elementos de madera entre los que destacan las grandes zapatas con decoración de volutas, espirales, cruces, etc. Son también de mencionar algunas puertas de casetones.

Del ángulo nordeste del patio arranca la escalera, de un solo tramo, cubierta por una media naranja decorada con florón central y sostenida por pechinas decoradas por pequeñas cabezas de querubines en yeso. La cima de la escalera ofrece en alzado doble arco de medio punto rebajado que separa un machón de fábrica.

La primera planta alberga estancias destinadas a dormitorios con conchas de yeso en los dinteles de entrada. En la segunda planta hay tres cámaras, entre las que destaca la que ofrece fachada a la calle Jardín, abierta con una galería de ocho arcos de medio punto.

La portada, situada bajo esa arquería, es alta y sobria y se conforma por sencillas pilastras toscanas que flanquean el vano adintelado.

En la planta baja, ventanales rectos y rejas, mientras que en la primera se abren balcones con bella rejería, obra probable de la familia de los Lopera, en la que predominan motivos geométricos y florales. Los vanos de la tercera planta se cierran con simples ventanas y rejas de hierro.

En el interior, azulejos de la casa Mensaque, de Sevilla, y una espléndida escalera en mármol blanco. En una de las fachadas laterales, un bello cierre da paso a un pequeño jardín con una fuente taza y vistas a la plaza de la Iglesia.

El intenso uso funcional y administrativo desde un principio ha sido causa de numerosas y radicales intervenciones a lo largo del tiempo, entre las cuales la llevada a cabo en 1791 quizás sea la que afectó al inmueble de modo más intenso, junto con la de 1952. Ya cuando se declaró Monumento Nacional, en 1926, solo se hizo de la crujía principal, zaguán y escalera imperial, elementos de los cuales únicamente los dos primeros podrían adjudicarse al proyecto original del siglo XVI.

De fecha incierta en cuanto a su origen, aunque se señale por alguna documentación la fecha de 1523 como su inicio, el estilo y sobre todo el uso de las serlianas no se corresponde con esos años. Si se sabe que fue terminado en 1564. En cuanto a su autoría, aunque discutida, pensamos que tiene rasgos estructurales inequívocos de Andrés de Vandelvira, como es la prolongación del plano de fachada lateralmente hasta el límite de la crujía, o el uso de soportes antropomorfos en portadas.

El actual edificio ocupa un amplio solar en esquina con fachada principal a la calle Pasaje Cardenal Benavides y otra lateral a la calle Gaspar Becerra. Aparte de las profundas reformas, se incorporó una casa colindante a la fachada principal, adquirida en 1942.

La parte renacentista y vandelviriana se centra en este paño de fachada que señala la crujía delantera. Se trata de un plano apaisado de dos pisos separados por una marcada cornisa, que determinan dos planos muy diferenciados: Uno inferior, desnudo, sin más ornamentación que la se concentra en las dos puertas de entrada y dos pequeñas ventanas centrales, mientras que en el superior los cuatro balcones en forma de “serliana”, además del aligeramiento del muro que suponen los huecos, estos se enriquecen con relieves de grutescos en frisos, arcos y cajas de pilastras, aproximándose a un concepto de “horror al vacío”, más propio del primer renacimiento. Un quinto vano, este de medio punto, en el extremo derecho indica ser resto de una parte mutilada o modificada posteriormente. Este gusto por el lujo ornamental se refuerza con los escudos oficiales de la monarquía y de la ciudad entre los balcones y se remata con un vistoso alero bajo el tejado, decorado con clásico friso de ovas y flechas y de ménsulas fantásticas de raigambre medieval.

De las dos puertas, la de la izquierda era la entrada a la cárcel, y consta de un gran arco simple de medio punto con don figuras alegóricas a modo de cariátides que sostienen el entablamento: Justicia y Caridad. La otra, más suntuosa, se corresponde con la residencia del Corregidor, se abre con arco escarzano, flanqueado por dos columnas sobre pedestal de orden corintio con canaladuras en el fuste y baquetones alternantes en el tercio inferior, al uso de Vandelvira y mascarones en su tercio superior; un tipo muy francés del que gusta este arquitecto. Sobre la puerta y en una gran cartela, leyenda alusiva al Corregidor, Juan de Borja, y a la fecha de su realización: 1559.

En el zaguán se conserva la triple arcada de piedra original sobre columnas, aunque cortada por encima de la clave por el forjado de una de las reformas posteriores. Al fondo, la escalera imperial cubierta con una media naranja, se inscribe en los momentos finales del barroco del siglo XVIII.

En el momento actual se está realizando el proyecto de rehabilitación del arquitecto Íñigo de Viar Fraile.

El infante Carlos III, hijo de Felipe V, en uno de sus viajes, pernoctó en este palacio el 27 de octubre de 1731, el entonces infante Carlos III, Rey de España a partir del año 1759.
Se hospedó en este palacio para evitar un brote de viruela que asolaba Andújar.
Por la tarde se distrajo cazando desde su ventana y al anochecer presenció desde las ventanas de su habitación los fuegos de artificio que se prepararon para tal ocasión en Andújar.

La portada se compone de dos vanos superpuestos. El de la planta baja, con pilastras toscanas y dintel, ambos almohadillados, presenta en su clave el escudo del Tribunal de la Inquisición. Por encima de estos elementos se observa un friso liso y una cornisa moldurada, sobre la que se abre una ventana rectangular, adintelada y con jambas almohadilladas y cajeadas. En sus laterales aparece una interesante ornamentación simétrica, labrada en piedra.

Cada lado se organiza en dos cuerpos superpuestos y separados por fajas horizontales: la parte inferior presenta unos tondos con la cruz de la Orden de Calatrava, mientras que la parte superior muestra, espirales y pináculos rematados por bolas. El vano de la ventana se encuentra protegido con una buena y artística reja de tipo cajón, de hierro forjado. En su cuerpo central y su copete presenta de nuevo la cruz de Calatrava y ornamentos, a base de flores de cuatro pétalos. La fachada se remata con un sobresaliente alero y una cubierta de teja.

La Casa ha pertenecido, a lo largo de su historia, a varios vecinos de Mengíbar. Algunos de ellos ocuparon cargos en la Inquisición de Mengíbar, como familiares, notarios, etc. Esa ha debido de ser la causa de que sea conocida como Casa de la Inquisición. Así, en 1751, habitaba en ella don Juan Ventura Rubio Galera, presbítero y Notario del Santo Oficio de la Inquisición de Córdoba. El Notario del Santo Oficio era el funcionario, que en los procesos anotaba las declaraciones de los acusados y de los testigos. 

Este emblemático edificio, que presentaba un estado bastante lamentable y ruinoso, fue restaurado a cargo de la Junta de Andalucía, construyendo en el mismo varias viviendas familiares, que se adjudicaron, en 1994, a vecinos de Mengíbar. La fachada también se restauró, conservándose muy acertadamente, tal como fue construida La protección garantiza cualquier intento de modificación o supresión de alguna parte o de la totalidad de este.

Así, el 23 de febrero de 1995, la Dirección General de Bienes Culturales, de la Consejería de Cultura de la Junta de Andalucía, incoa el procedimiento para la inscripción con carácter genérico, en el Catálogo General del Patrimonio Histórico Andaluz, a favor de la Casa de la Inquisición en Mengíbar (Jaén), “determinando la aplicación provisional del régimen de protección y haciendo saber a sus propietarios que tienen el deber de conservarlo, mantenerlo y custodiarlo, de manera que se garantice la salvaguarda de sus valores”. Entre las razones que el citado organismo argumenta para tomar el citado acuerdo aparecen su valor histórico, por lo que el edificio representa para la Inquisición y por su relación con linajes antiguos de Mengíbar, como Rubio Galera y Camacho. También, por sus elementos artísticos relevantes, como la portada, en la que destaca el acento vertical puesto en la disposición de los vanos, con cánones clasicistas y el excelente labrado de los motivos ornamentales.  El edificio queda formalmente inscrito al mencionado catálogo en febrero de 1997.