Tiene una planta de una sola nave con capillas entre los contrafuertes sin comunicación entre ellas. La bóveda de la nave central es bóveda de cañón, sobre arcos fajones que a su vez descansan sobre hermosas pilastras. La capilla mayor está precedida por un gran arco en el que destaca el escudo del Obispo Don Antonio Brizuela y Salamanca. Cubre el presbítero una interesante Cúpula seudoval sobre pechinas realizada en el S. XVII. A los pies del Templo se sitúa el Coro, en alto, sostenido por dos columnas, y la torre-campanario. El original Retablo del Altar Mayor del que solo se conserva en su integridad el cuerpo ático, es obra barroca, También ejecutado en la segunda mitad del XVII, aunque dorado en 1737 por los maestros Manuel Pancorbo y Antonio Clavijo. Este muestra la estructura de tres calles separadas por columnas salomónicas y ático, donde se alberga la imagen de un Cristo Crucificado. Este templo tiene siete capillas laterales que están vinculadas tradicionalmente a familias. Durante la contienda civil desaparecieron los retablos originales y sobre todo la rica imaginería de sus altares. • Capilla de S. José • Capilla de Ntra. Sra. de los Dolores • Capilla de S. Antonio • Capilla de Maria Auxiliadora • Capilla de las Ánimas • Capilla de la Veracruz • Capilla del Señor de la Columna

La veneración popular del Cristo titular se relaciona con una mortífera epidemia de peste que asoló la localidad en 1833, hasta que los vecinos acordaron sacar la imagen del Crucificado en procesión con lo que remitió la epidemia y los enfermos sanaron. En acción de gracias se remodeló la ermita, cuyos elementos de interés son la portada de arco de medio punto de sillería y la espadaña de un cuerpo, y se cambió la advocación de su titular.

Hacia el siglo XVIII construyó la ermita de la Virgen de Atocha sobre los restos de un cementerio. Sobre su aparición no sabemos con exactitud cuál fue la fecha y el año, pero está relacionada su aparición con la aparición de la Virgen de Atocha de Madrid, pues las dos se refiere a la misma Virgen. La historia se remonta antaño, pues decía la tradición oral que un día se apareció la gran Señora donde hoy está su ermita. Viendo la gente que era la Virgen de Atocha que había en Madrid, decidieron devolverla a la capital de España. Volvió a parecer en dicho sitio y volvieron a llevarla a Madrid y así sucesivamente hasta que decidieron dejarla aquí pues parecía no quererse ir de Villardompardo, y así fue una vez construida su ermita. Al paso de los años de todos los villariegos adorarla y tenerle mucha fe.

A los lados, dos ventanas circulares abocinadas de perímetros polilobulados embellecen la fachada, que culmina en una moldura corrida que da paso al alero. A los pies del templo se encuentra resaltado un cuerpo vertical culminado por una espadaña, que destaca en altura sobre el conjunto de la iglesia, y se articula en dos cuerpos para campanas: el primero con dos vanos con arcos de medio punto y el segundo con un vano coronado por un pequeño frontón con una cruz en su vértice. En la parte baja una pequeña puerta con grandes dovelas y a eje con ella una ventana de arco de medio punto peraltado, verticalizan y marcan la simetría de este cuerpo.  Se sitúa en una pequeña y encantadora plaza, la Plaza de la Constitución, en alto respecto al entorno, definida en su exterior por una lonja con pilares de piedra rematados con bolas y unidos por una barandilla de hierro forjado. Haciendo chaflán, en su exterior, hay una coqueta fuente de piedra con enseña de la orden de Calatrava y molduras quebradas y mixtilíneas al gusto barroco coronándola.

Su planta presenta tres naves con mayor anchura en la central. Los pilares que separan las naves tienen diferentes plantas y los arcos que comunican la nave central con las laterales son de medio punto, salvo en la zona gótica del presbiterio en que, naturalmente son apuntados. Una bóveda de medio cañón cubre los tres tramos de la nave central que está recorrida por una cornisa y definida por falsos arcos fajones que descansan en estribos. El presbiterio, construido en el siglo XIV, es de sillería y sillarejo, aunque parcialmente y se cubre con bóveda de terceletes con diagonales y ligadura. El acceso de la nave al presbiterio se enfatiza con un gran arco toral apuntado con baquetones y capiteles góticos ornamentados con nardos. Como contraste por su contemporaneidad están la sacristía que se sitúa al principio del lateral izquierdo, equilibrada en la parte opuesta, por una capilla. A los pies se levanta el coro sobre columnas salomónicas, antepecho con balaustres también de madera y tres arcos carpaneles.

Presenta una sola nave de planta rectangular y forma de cruz latina, flanqueada por capillas laterales y presidida por un presbiterio sin ábside. Cubre el templo un artesonado mudéjar con una sencilla estructura de par y nudillo, con cinco tirantes ornamentados con lacerías que apoyan en canes y que, en el sotocoro, apoyan sobre un puente transversal sostenido por una columna jónica y una zapata de madera decorada con grandes hojas de acanto. En esta línea de austeridad se construyó, un siglo más tarde, la portada lateral: un vano adintelado con pilastras toscanas y carente de elementos decorativos. Durante la guerra civil se destruyó el retablo de madera que presidía el Señor de las Aguas y en 1949 se colocó en su lugar otro presidido por el Señor de la Capilla, nombre con el que también se denomina a esta iglesia. La torre campanario actual, que sustituye a una espadaña derrumbada a principios del siglo XX, se levantó en 1956-57 sobre una base cuadrada y con forma prismática, con un primer cuerpo que presenta en sus caras óculos dispuestos verticalmente en la caña y enmarcados por una moldura común; el segundo cuerpo, de menores dimensiones, ochavado, con pináculos en las esquinas y parejas de arcos de medio punto para las campanas, está rematado por un chapitel piramidal.