Sie besitzt einen einschiffigen Grundriss mit Kapellen zwischen den Strebepfeilern, ohne Verbindung untereinander. Das Gewölbe des Hauptschiffs ist ein Tonnengewölbe über Gurtbögen, die wiederum auf schönen Pilastern ruhen. Der Hauptkapelle geht ein großer Bogen voraus, an dem das Wappen des Bischofs Don Antonio Brizuela y Salamanca hervorsticht. Das Presbyterium ist von einer interessanten, im 17. Jahrhundert geschaffenen pseudoovalen Kuppel auf Hängezwickeln überdacht. Am Fuß der Kirche befindet sich der erhöhte, von zwei Säulen getragene Chor sowie der Glockenturm. Der ursprüngliche Hauptaltaraufsatz, von dem nur der Aufsatzteil vollständig erhalten ist, ist ein Barockwerk, ebenfalls in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts ausgeführt, wenngleich 1737 von den Meistern Manuel Pancorbo und Antonio Clavijo vergoldet. Er zeigt eine Struktur mit drei durch Salomonische Säulen getrennten Achsen und einem Aufsatzteil, in dem sich das Bildnis eines gekreuzigten Christus befindet. Diese Kirche besitzt sieben Seitenkapellen, die traditionell mit bestimmten Familien verbunden sind. Während des Bürgerkriegs verschwanden die ursprünglichen Altaraufsätze und vor allem die reiche Bildausstattung ihrer Altäre. • Kapelle des San José • Kapelle der Nuestra Señora de los Dolores • Kapelle des San Antonio • Kapelle der María Auxiliadora • Kapelle der Armen Seelen • Kapelle der Veracruz • Kapelle des Señor de la Columna

Die volkstümliche Verehrung des titelgebenden Christus steht im Zusammenhang mit einer tödlichen Pestepidemie, die den Ort 1833 heimsuchte, bis die Bewohner beschlossen, das Bildnis des Gekreuzigten in Prozession zu tragen, woraufhin die Epidemie zurückging und die Kranken genasen. Aus Dankbarkeit wurde die Einsiedelei umgestaltet, deren interessante Elemente das Rundbogenportal aus Quaderstein und der einstöckige Glockengiebel sind, und der Titel des Kirchenpatrons wurde geändert.

Um das 18. Jahrhundert wurde die Einsiedelei der Virgen de Atocha über den Überresten eines Friedhofs errichtet. Über den genauen Zeitpunkt und das Jahr ihrer Erscheinung wissen wir nichts Sicheres, doch diese ist mit der Erscheinung der Virgen de Atocha in Madrid verbunden, da beide dieselbe Jungfrau meinen. Die Geschichte reicht weit zurück, denn der mündlichen Überlieferung zufolge erschien die große Herrin eines Tages an der Stelle, an der sich heute ihre Einsiedelei befindet. Als man erkannte, dass es sich um die in Madrid verehrte Virgen de Atocha handelte, beschloss man, sie in die spanische Hauptstadt zurückzubringen. Sie erschien erneut an ebendiesem Ort, und man brachte sie erneut nach Madrid, und so ging es weiter, bis man beschloss, sie hier zu belassen, da sie Villardompardo offenbar nicht verlassen wollte – und so geschah es, sobald ihre Einsiedelei errichtet war. Im Laufe der Jahre begannen alle Bewohner von Villardompardo, sie zu verehren und großen Glauben in sie zu setzen.

An den Seiten schmücken zwei sich weitende, kreisrunde Fenster mit mehrlappigen Umrissen die Fassade, die in einem durchgehenden Gesims endet, das zum Dachvorsprung überleitet. Am Fuß der Kirche erhebt sich ein hervorgehobener vertikaler Bauteil, gekrönt von einem Glockengiebel, der höher als der übrige Kirchenbau ist und sich in zwei Glockengeschosse gliedert: das erste mit zwei Rundbogenöffnungen, das zweite mit einer Öffnung, die von einem kleinen Giebel mit einem Kreuz an der Spitze gekrönt wird. Im unteren Bereich verleihen eine kleine Tür mit großen Wölbsteinen und, in derselben Achse, ein erhöhtes Rundbogenfenster diesem Bauteil Vertikalität und Symmetrie. Sie liegt an einem kleinen, bezaubernden Platz, der Plaza de la Constitución, erhöht gegenüber ihrer Umgebung, außen begrenzt durch eine Vorhalle mit Steinpfeilern, die mit Kugeln bekrönt und durch ein schmiedeeisernes Geländer verbunden sind. An einer Ecke außen befindet sich ein hübscher Steinbrunnen mit dem Emblem des Calatrava-Ordens, gekrönt von gebrochenen und geschwungenen Profilierungen im Barockgeschmack.

Ihr Grundriss zeigt drei Schiffe, wobei das mittlere breiter ist. Die die Schiffe trennenden Pfeiler haben unterschiedliche Grundrisse, und die Bögen, die das Mittelschiff mit den Seitenschiffen verbinden, sind rundbogig, außer im gotischen Bereich des Presbyteriums, wo sie naturgemäß spitzbogig sind. Ein Tonnengewölbe überspannt die drei Joche des Mittelschiffs, das von einem Gesims gesäumt und durch falsche, auf Strebepfeilern ruhende Gurtbögen gegliedert wird. Das im 14. Jahrhundert erbaute Presbyterium besteht aus Quader- und Bruchstein, wenn auch nur teilweise, und wird von einem Rippengewölbe mit Tiercerons, Diagonalen und Firstrippe überspannt. Der Übergang vom Schiff zum Presbyterium wird durch einen großen, spitzbogigen Triumphbogen mit Rundstäben und mit Lilien verzierten gotischen Kapitellen hervorgehoben. Im Kontrast dazu, durch ihre Zeitgenössenschaft, stehen die Sakristei, die sich am Anfang der linken Seite befindet, und, ihr auf der gegenüberliegenden Seite entsprechend, eine Kapelle. Am Fuß der Kirche erhebt sich der Chor auf Salomonischen Säulen, mit einer ebenfalls hölzernen Balustrade und drei Korbbögen.

Sie besitzt ein einziges rechteckiges Schiff in Form eines lateinischen Kreuzes, flankiert von Seitenkapellen und geprägt von einem apsislosen Presbyterium. Die Kirche wird von einer Mudéjar-Kassettendecke mit einfacher Sparren-Kehlbalken-Struktur überdeckt, mit fünf verzierten, mit Flechtbandmustern geschmückten Zugbalken, die auf Kragsteinen ruhen und die unterhalb der Chorempore auf einem Querbalken aufliegen, der von einer ionischen Säule und einer mit großen Akanthusblättern verzierten Holzkonsole getragen wird. In derselben schlichten Linie wurde ein Jahrhundert später das Seitenportal errichtet: eine Sturzöffnung mit toskanischen Pilastern, ohne dekorative Elemente. Während des Bürgerkriegs wurde der Holzaltaraufsatz zerstört, der den Señor de las Aguas darstellte, und 1949 wurde an seiner Stelle ein neuer aufgestellt, der den Señor de la Capilla zeigt – ein Name, unter dem diese Kirche ebenfalls bekannt ist. Der heutige Glockenturm, der einen zu Beginn des 20. Jahrhunderts eingestürzten Glockengiebel ersetzt, wurde 1956–57 auf quadratischer, prismenförmiger Basis errichtet, mit einem ersten Geschoss, das an seinen Seiten senkrecht angeordnete Ochsenaugen mit gemeinsamer Rahmung zeigt; das zweite, kleinere, achteckige Geschoss besitzt an den Ecken Fialen und Paare von Rundbögen für die Glocken und wird von einer pyramidenförmigen Turmspitze abgeschlossen.