Exteriormente, el templo ofrece un volumen escalonado debido a las diferentes alturas de las naves, los contrafuertes de las fachadas y la presencia de la torre-campanario. La fachada principal destaca del conjunto por el cuerpo de la torre adosada al muro y por la portada, compuesta de un arco conopial abocinado con arquivoltas y columnas con capiteles de hojarascas.

En la fachada norte se abre la portada del siglo XVIII, formada por un arco de medio punto enmarcado por pilastras, mientras que en la lateral, obra de 1529, se ubica la puerta procedente del antiguo palacio de Villalta o Casa de la Torre.

En el siglo de las grandes reformas (XVIII), la iglesia frailera se convirtió en ayuda de parroquia de Santa María la Mayor, de Alcalá la Real (1778). Se hicieron nuevas obras a cargo del maestro Jacinto Pérez, que consistieron en alargar la nave y construir una capilla mayor que no había.

Iglesia de Santa Lucía | Vistas
En la segunda mitad del siglo XIX, la iglesia estaba dedicada a la Virgen de los Dolores y las dimensiones del edificio no eran suficientes para el número de vecinos. Tenía un retablo compuesto por varios cuadros y presidido por una imagen de talla de la Dolorosa, atribuida a José de Mora. En la nave existían únicamente tres altares. De esta época era la puerta de madera con clavería, fechada en 1852.

A finales del siglo XX y de la mano del párroco Alberto Jaime Martínez Pulido, se realizó la reforma que hoy podemos contemplar, manteniendo los elementos antiguos, pero con proyección al nuevo milenio. De esta etapa es el magnífico artesonado que se hizo en Atarfe (Granada) en el taller de 'Los Tres Juanes'.

Entre los elementos más antiguos todavía destaca la torre-campanario, con tres campanas que llevan los sonoros nombres de Nuestra Señora de los Dolores, San Rafael y Virgen de las Mercedes.

Su construcción parece que comienza en torno a 1576, y así los detalles y estilo la sitúan a finales del siglo XVI y comienzos del XVII. La planta es de una sola nave (de salón) con un coro alto al final y las bóvedas de la cubierta son de medio cañón. Las pechinas de esta cúpula poseen frescos atribuidos al villacarrillense Escudero de la Torre. El retablo, dorado, posee columnas salomónicas del siglo XVIII. La fachada es de piedra con sillares irregulares con una sencilla espadaña de tres cuerpos que se levanta en el ángulo noroeste de la misma. La portada, atribuida al arquitecto Juan de Aranda y Salazar (Maestro Mayor de la Catedral de Jaén y continuador de Vandelvira), rebosa un elegante clasicismo con una hornacina en la que se encuentra la imagen de piedra de Santa Isabel, titular de la iglesia. En esta iglesia, el 25 de agosto de 1812, se llevó a cabo el solemne acto de jura de la nueva Constitución de Cádiz, "La Pepa".

Entre ambos cerros se constituyó la plaza, que sería en lo sucesivo el centro religioso y político del pueblo. Allí se levantó, entre finales del siglo XVI y primer tercio del XVII, la iglesia parroquial de San Pedro, en una explanada enclavada en un peñasco, en el solar de un antiguo templo medieval. Su única planta es rectangular con cuatro capillas hornacinas y presbiterio de testero plano. Como ornamentación autónoma de la arquitectónica se pueden reseñar la pila de agua bendita, renacentista, de piedra tallada; la imagen en talla de la Virgen, del siglo XVIII; y, algo posterior, el óleo de San Pedro. 

La visión exterior de la parroquial es impresionante: magnífica sillería, contrafuertes, y escalinata para acceder a la portada sur, que presenta arco de medio punto flanqueado por pilastras cajeadas, frontón partido con bolas, hornacina en el tímpano y otro frontón, esta vez curvo, para acoger la imagen del santo titular. El elemento más destacado tal vez sea la torre, levantada en el lado de la epístola, de planta cuadrada y dos cuerpos, el bajo con dos ventanas, bóveda y arco y cubierta rebajados, y, separado por una cornisa, el segundo cuerpo, con bóveda de cañón y escalera de caracol y, al exterior, vanos de medio punto para campanas y esquinas achaflanadas con flameros; remata el conjunto una cornisa con tres gárgolas con figuras antropomórficas. 

El edificio, con marcadas influencias de Vandelvira, Francisco del Castillo "El Viejo", y Alonso Barba, pese a las reformas que ha sufrido a lo largo de los siglos, conserva el gusto de finales del siglo XVI.

Cegada su puerta de poniente, entre 1605 y 1615, estando en la Sede Episcopal de Jaén Don Sancho Dávila, se erige su actual portada sur, de cuyas trazas debe ocuparse Alonso de Barba, aparejador y principal discípulo de Andrés de Vandelvira.

Esta portada está compuesta, en su primer cuerpo, por columnas exentas de orden corintio antepuestas a retropilastras, arco de medio punto con clave vegetal y relieve de virtudes en las enjutas.

El segundo, tras el entablamento, se compone de columnas-retropilastras jónicas (siguiendo el esquema ortodoxo del clasicismo), que abrazan un idealizado tema de serliana o hueco palladiano, en cuyo hueco central se instala la imagen exenta del titular. A ambos lados las armas episcopales de su promotor.

También, en la primera década de este siglo, son firmadas las condiciones para hacer la torre campanario -luego arruinada e inexplicablemente desplazada en la actualidad tras su desventurada restauración-, por el maestro Pedro de Ortiz, siendo ejecutada la obra por diversos maestros de albañilería, entre los que figuraba Juan de Bayona.

El interior de su fábrica, remodelada en múltiples ocasiones, presenta en la actualidad una única nave de salón, cubierta por bóveda de cañón y cúpula rebajada en su presbiterio.

Es una de las parroquias más antiguas de la ciudad. Fue reedificada en el último tercio del siglo XIV (tras la destrucción de Pero Gil), quedando escasos restos de la anterior fábrica del siglo XIII, tales como el ábside semicircular.

Ha sufrido después varias intervenciones, destacando la de la fachada renacentista de 1605, construida por el discípulo de Vandelvira Alonso de Barba, bajo el obispo de Jaén Sancho Dávila (1605-1615).

Probablemente fue una mezquita convertida al culto cristiano después de la Reconquista, siendo parroquia -dependiente de la jurisdicción del arzobispado de Toledo en el siglo XIII- hasta que a mediados del siglo XIX queda agregada a la iglesia de Santa María.

Exterior: La portada principal consta de dos cuerpos, el inferior centrado por arco de medio punto con columnas corintias a los lados y retropilastras; en las enjutas vemos los relieves de dos virtudes, la fe y la caridad. Sobre el entablamento se encuentra un segundo piso de orden jónico, cuyo hueco central cobija la imagen sedente del santo titular. A ambos lados aparecen dos grandes escudos del obispo promotor, todo rematado por pináculos piramidales. Se trata de una portada que repite esquemas renacentistas.

La portada de poniente, con arco de medio punto, fue cegada cuando se construyó el coro -es recto, de construcciones antiguas protogóticas-.

La torre campanario, de la misma época que la portada principal, es sencilla y consta de un cuerpo cúbico con cuatro vanos para el cuerpo de campanas. Actualmente no ocupa su original emplazamiento.

El ábside exteriormente presenta pilares escalonados y arcos polilobulados, restos protogóticos de la antigua fábrica del siglo XIII.

Interior: Su interior ha sido reconstruido en varias ocasiones. Presenta en la actualidad una única nave de salón cubierta por bóveda de cañón con capillas laterales, la mayoría góticas.

El ábside es poligonal con vanos ojivales.

Presenta un gran valor histórico, pues fue una de las parroquias en que se dividía la ciudad medieval, en la que se aprecia el interés renacentista de siglos posteriores por transformar el aspecto externo, mediante la construcción de fachadas sobre los templos medievales.