Esta Vía Verde cuenta con 2 espacios naturales protegidos localizados en un radio inferior a 5 km.: el ZIC del río Guadalimar (Red Natura 2000) y el Monumento Natural El Piélago. Además, es posible conocer más sobre estos espacios naturales protegidos gracias al Punto de información Laguna Grande.

ZIC del río Guadalimar: En este espacio natural son comunes las arcillas y arenas rojas. Este ámbito parte de las serranías de montaña media de las Sierras de Cazorla y Segura, predominando el paisaje de campiñas de pie de monte (Cuenca del Guadalimar). El tramo final se caracteriza por el ámbito paisajístico de la Vega del Guadalquivir. El río es importante para especies como el calandino, la boga del Tajo y la boga del Guadiana.

Monumento Natural El Piélago: Este Monumento Natural, localizado en la zona de contacto entre la campiña y las estribaciones de Sierra Morena, alberga un tramo del río Guarrizas de extraordinario valor paisajístico y natural. En las zonas más altas el paisaje es agreste y el río se encajona en los enormes bloques de granito. El  cauce tiene que salvar una serie de desniveles originando dos pequeñas cascadas. Más abajo se vuelven a unir los brazos del río en un profundo remanso. La vegetación de ribera se encuentra en buen estado de conservación, destacan especies como el fresno, con ejemplares de talla reseñable. Entre la fauna son destacables las aves, entre las que se encuentra el milano negro.