La colección, abundantísima, está relacionada con oficios (barbero, médico, herrero, boticario, pastor, espartero, carpintero, partera, costurera, tendero...) que se exponen en unidades independientes con multitud de objetos formando ambientaciones que muestran una amplia reproducción, donde además se puede contemplar un maravilloso telar del s. XVIII y la producción textil del lino, lana y seda en la época. También se incluyen los espacios domésticos de una casa burguesa, como el salón, el dormitorio, las alacenas, etc.

El Museo de Artes y Costumbres Populares de Begíjar dispone de una biblioteca de consulta, especializada en temática antropológica con atención especial a la etnografía andaluza y temáticas afines a los contenidos del Museo.

En estos últimos años, el Museo ha realizado numerosas exposiciones temporales y ha editado diversas publicaciones relacionadas con talleres e investigaciones llevadas a cabo por el propio museo. En la actualidad sigue cooperando en todo tipo de actos culturales, ya sean propios, privados o públicos con el fin de promover el estudio de la antropología y la historia social en Begíjar.

En la primera sala del museo se ha instalado una capilla con un Cristo románico-bizantino de tamaño natural montado en cruz de madera de ciprés. Le rodea una completa colección de doce pinturas anónimas del Siglo XVII que representan a los Apóstoles y una talla barroca del obispo San Ambrosio.

En la segunda sala (sala de armas) del Museo de Artes y Costumbres Populares del Alto Guadalquivir está decorada con panoplias en forma de escudo con diversas armas: espadas, ballestas, hachas, alfanjes, etc. Además dispone de dos armaduras y arcones tallados, así como mobiliario de los siglos XVI y XVII.

La tercera sala (sala noble), es la que más arquitectónicamente destaca por su terminación en una bóveda de crucería gótica y sus ventanales de arcos apuntados con parteluz, también gótico. En ella se exponen tres tapices flamencos del siglo XVII, firmados por Ian Raes y cuatro bargueños formando conjunto con sus correspondientes mesas del siglo XVIII.

El edificio del museo es especialmente destacable, ya que se trata de una casa mudéjar, un hermoso edificio del siglo XIV descubierto durante unas obras. Es conocido como Casa Mudéjar y presenta un repertorio de piezas de yacimientos paleolíticos de la provincia y objetos de la Edad del Bronce excavados en el barrio del Alcázar del núcleo urbano de Úbeda. Las piezas de época romana proceden de Úbeda, la Vieja (la Colonia Salaria fundada por Augusto). También encontramos piezas procedentes del yacimiento ibérico de Castellones de Ceal y exvotos ibéricos del Santuario de Collado de los Jardines.

Cuenta con dos salas de exposición y un patio de armas, donde se concentran las piezas arqueológicas de mayores dimensiones y peso. A lo largo de la visita podemos contemplar diversos fondos, fruto del devenir histórico, cultural, arqueológico, artístico y social de Castellar.
De la época prehistórica encontramos hachas y diversos útiles de piedra.

En la planta baja se han musealizado los restos de un yacimiento de época romana: monedas, columnas de edificaciones, etc.

En la siguiente planta se exponen objetos de la cultura íbera del santuario Cueva de la Lobera, uno de los numerosos yacimientos arqueológicos del término municipal de Castellar, localidad cuyos orígenes se sitúan en el periodo final de la Edad del Cobre y principio de la Edad del Bronce.

El Museo arqueológico consta de tres salas, una primera sala dedicada a la Prehistoria, donde se puede observar todo los restos materiales del Paleolítico, Mesolítico, Neolítico, Calcolítico y Edad de los Metales.

El contenido de las vitrinas de esta sala es muy rico, En una primera encontrando desde, restos líticos del Paleolítico Medio como Proto-Bifaces a flechas Argáricas de tipo "Palmeta", elaboradas ya en época de los metales. En esta Sala se puede observar la reconstrucción de una cueva Paleolítica y una Cabaña Neolítica, que se convierte en la apuesta didáctica de esta sala.

La Segunda Sala esta dedicada a la Historia, partiendo desde los pueblos Colonizadores a la época moderna, destacando una muestra importante de restos epigráficos Íberos, Romanos y Musulmanes, junto con una extensa y muy completa colección numismática. A esto se la añade todo tipo de artefactos cerámicos, en vidrio y mármol que hacen de esta sala la más completa del museo. En esta sala también se apuesta por la interpretación de monumentos arqueológicos, en esta caso cobra protagonismo la reconstrucción a escala real de la Tumba Principesca de la Necrópolis de Piquía, tumba de dimensiones importantes en la cual se encontró un prominente ajuar funerario, entre el que destaca un total de 7 vasos cerámicos áticos, 4 de los cuales han sido restaurados por el equipo de arqueólogos del Centro Andaluz de Arqueología Íbera de la Universidad de Jaén.

La tercera sala está dedicada a dos personajes ilustres de la historia de Arjona, El Rey Alhamar y Helvia Paulina, ambos nacidos en la localidad, los cuales han sido muy destacados en sus respectivos periodos Época Musulmana y Romana respectivamente. Esta Sala se complementa con una Sala de Audiovisuales, que nace con el objetivo de completar las actividades programadas por el museo para el visitante.