Su construcción debió realizarse entre los siglos XIII y XIV y a lo largo del tiempo se le fueron adosando casas de poca entidad que distorsionaron su imagen. En 1987 la delegación de Cultura de la Junta de Andalucía, ante su estado de avanzado deterioro, llevó a cabo una restauración por el procedimiento de emergencia dirigida por el arquitecto Luis Carlos Gutiérrez Calatrava, que resultó modélica en cuanto a su rigor y tratamiento: consolidación de bóvedas y construcción de azotea para la evacuación de aguas, reparación de cerramientos exteriores e interiores, reposición de piezas y carpintería exterior y acondicionamiento del exterior y zonas de acceso.

Fue declarada Bien de Interés Cultural en 1985

Bajo el escudo aparece un bello reloj, labrado en piedra y de elegante factura, que, probablemente, diera nombre a la nueva construcción. Reloj que en el momento actual carece de función, pues de él tan solo persiste su esfera labrada. Reloj que sería sustituido, seguramente en el siglo XIX, por aquel que vemos por debajo del cuerpo mirador.

Todo parece indicar, según las actas capitulares del siglo XVII, que la Torre del Reloj era un elemento anexo a la cárcel real con la que estaba comunicada. El 12 de septiembre de 1653 se relata en las mismas que un preso había huido a través de la torre por el descuido del relojero, motivo por el que sería castigado y sustituido. Torre de vigilancia desde donde se visualizan las calles y gentes de Andújar y desde donde se marcaba el ritmo laboral de sus vecinos. En el momento actual, la Torre del Reloj, es, sin duda, uno de los elementos más representativos de la monumentalidad de la ciudad de Andújar y parte consustancial de la morfología de la plaza de Santa María

En el frente oeste y a media altura encontramos el escudo imperial de Carlos V y un reloj labrado en piedra. En el primer elemento ornamental, un águila bicéfala porta la corona imperial y el Toisón de oro bordea el escudo. En el cantón diestro el linaje de los Trastámara y de los Habsburgo y en el siniestro el de la Casa de Avís, que corresponden a Carlos V y a su esposa Isabel de Portugal, respectivamente. Su presencia se debe a la coincidencia de la ejecución de la obra con el reinado de Carlos V, pues era costumbre en la época dejar testimonio del monarca reinante en las nuevas construcciones. Escudo imperial que a los andujareños les recuerda, además, su fidelidad al monarca en los años de la guerra de las Comunidades, formando parte de la Junta de las Ramblas. No era de ese mismo parecer su alcalde mayor, Francisco de Vergara, que “sentía simpatía por los Comuneros, y enterada la ciudad de los manejos que traía con ellos, se indignó de tal forma, que en pleno Cabildo le quitó la vara de la justicia”. De la lealtad y obediencia de la ciudad quedó muy complacido el emperador y prueba de ello fue la carta que remitió el 20 de julio de 1520, desde la ciudad de Îpres, en la que agradecía la actitud de la ciudad hacia su persona en aquellos difíciles momentos.

La única fuente documental que existe en el día de hoy sobre esta construcción se encuentra en su frente oeste y dice:"Reinando su majestad y siendo/ corregidor de esta ciudad el muy magnifico caballero Francisco/ de Alarcón veinticuatro de Granada y su alcalde mayor el bachiller Sancho Díaz/ de Baeza se acabó el veinte de agosto de mil quinientos treinta y cuatro años. Mayordomo Alonso Yáñez."

En su base se encuentra la Oficina Municipal de Turismo, desde donde se puede acceder al Mirador panorámico.

La torre del Reloj, erigida a finales del siglo XIV, tiene unos doce metros de altura. Se asienta sobre zócalo de piedra, es cuadrangular, su sillería no es totalmente regular, se distribuye interiormente en cuatro niveles, conserva el almenado y también, en dos de sus caras, balcones con función de matacanes; en otra, ménsulas de matacán; mientras que en la del noroeste se ha colocado un reloj que le da nombre, donde primitivamente estuvieron ubicados el matacán y sus ménsulas.

En 1985 fue declarada Bien de Interés Cultural.

En su origen era un torreón perteneciente a la muralla medieval, construido en el siglo XIII. Defendía la desaparecida puerta de Toledo, que era la más transitada, pues era la entrada a la ciudad, entre otras, desde las poblaciones de Baeza, Jaén, Toledo, Córdoba, Sevilla y la misma corte. En la segunda mitad del siglo XVI se decide adaptar la torre para albergar un reloj y campanario, por lo que se añade el segundo cuerpo, donde se encuentra la maquinaria y un templete ochavado para el campanario del reloj. Exteriormente aparecen las armas de la ciudad y el escudo de los Austrias. El templete está formado por arcos de medio punto en sus lados mayores y vanos adintelados en los menores, decorado en las esquinas con grandes floreros. La torre alberga otro elemento que acentúa su carácter simbólico: la imagen de Nuestra Sra. de los Remedios, que está muy vinculada a la historia de la ciudad, pues ante ella el Emperador Carlos V y posteriormente su hijo Felipe II juraron guardar sus fueros y privilegios. Alfonso XIII renovó esta antigua tradición. Es una pintura gótica enmarcada por un arco apuntado con molduras de rosetas en la que aparece la Virgen con el niño, ambas figuras incomunicadas con fondo paisajístico en el que aparecen en pequeño tamaño escenas bíblicas del pecado original, representadas por las figuras de Adán y Eva; y al otro lado la representación del calvario, mostrándonos una representación abstraída del tiempo y del espacio sensible. Esta imagen fue sustituida por una copia; la original se encuentra en el Palacio de las Cadenas. Para Antonio Muñoz Molina la Torre del Reloj es un integrante representativo en sus novelas y la localiza en la plaza del General Orduña, también espacio principal de Mágina. (…) “Noches de invierno, a finales de año, los escaparates de la calle Nueva y del Real iluminados hasta muy tarde, altavoces con villancicos en los soportales de la plaza del General Orduña, las acacias adornadas con bombillas intermitentes, la estrella de Belén sobre la torre del Reloj […]” El jinete polaco. Antonio Muñoz Molina

Según la descripción de varios autores, 3?4?5? más que de una atalaya se trataría de un castillejo. Construida en mampostería bien trabada, su planta es cilíndrica con un muro semicircular que protege la entrada. Esta se sitúa en altura (a unos 2 metros sobre el nivel del suelo) y aún conserva restos de dintel de madera de la puerta y la gorronera de la misma. Debió existir una segunda planta, puesto que en el interior de la torre quedan restos de vigas de la techumbre de madera que separaba ambos pisos. Alberga dos aposentos interiores superpuestos y una terraza. La parte inferior de la torre es maciza. Las plantas estaban cubiertas con bóvedas semiesféricas, comunicándose por una escalera adosada de 1,18 metros de anchura.

En general se conserva en buen estado, aunque una gran grieta amenaza con desmoronarla

La Torre del Homenaje está construida con sillares de piedra irregulares a excepción de las esquinas, las cuales están embellecidas y se refuerzan con sillares regulares. El sótano, que fue utilizado como aljibe, solo es accesible a través de una trampilla que se encuentra en el suelo de la planta baja. Para recoger las aguas de lluvia desde la azotea contaba con una conducción de tubos de cerámica, y así eran almacenadas en el aljibe. 

El acceso a la planta baja se realiza desde el exterior. Esta planta se encuentra cubierta por una bóveda ojival. A la primera planta se accede desde el interior por una estrecha escalera conducida en la planta baja; esta planta es la estancia principal de la Torre y está cubierta por una cúpula realizada a base de aproximación de hileras de ladrillo, apoyada en pechinas, también de ladrillo. Finalmente, al llegar a la azotea se obtiene una magnífica visibilidad y control de la ciudad. Esta Torre fue restaurada y actualmente se encuentra en ella un Centro de recepción de visitantes.