De su primera ocupación (Edad del Bronce 2500-100 a. C.): Cerámica y enseres funerarios, pesas de telar, punzones o agujas, entre otras.

De la Época Romana (Dinastía Flavia S. I d. C.): Vasijas y cerámica de embalaje y de uso doméstico como platos, olla, cuencos, platos, vasos, etc.

De la Época Medieval se hace distinción entre la civilización árabe (invasión almohade) y la cristiana: Elementos decorativos y de la vida doméstica como restos de alicatados, candiles, jarras, platos, etc.

De la Época Moderna se recogen puertas de paso, llaves, arcón, caja de caudales, retratos, etc. De esta época destacar tres piezas muy significativas, la primera el cuadro de Juan de Bolaños, El viejo (único ejemplar conservado de la obra pictórica de este autor) que representa la escena de la Batalla de las Navas de Tolosa acaecida en las cercanías del castillo de Castro Ferral. La segunda es la impresionante tinaja que se muestra en el recibidor del Museo de Baeza para el almacenaje de aceite. Y, por último, la puerta conocida como de las tres llaves y que custodiaba en su día los documentos más importantes de la ciudad en el edificio de las Casas Consistoriales Altas.

Se trata pues de unas piezas que sirven a los visitantes de excelente procedimiento para conocer la vida del hombre y pinceladas de la historia de la ciudad. Pero el principal capital del Museo de Baeza es su propio público, quien al visitarlo recupera la memoria colectiva.

La colección, abundantísima, está relacionada con oficios (barbero, médico, herrero, boticario, pastor, espartero, carpintero, partera, costurera, tendero...) que se exponen en unidades independientes con multitud de objetos formando ambientaciones que muestran una amplia reproducción, donde además se puede contemplar un maravilloso telar del s. XVIII y la producción textil del lino, lana y seda en la época. También se incluyen los espacios domésticos de una casa burguesa, como el salón, el dormitorio, las alacenas, etc.

El Museo de Artes y Costumbres Populares de Begíjar dispone de una biblioteca de consulta, especializada en temática antropológica con atención especial a la etnografía andaluza y temáticas afines a los contenidos del Museo.

En estos últimos años, el Museo ha realizado numerosas exposiciones temporales y ha editado diversas publicaciones relacionadas con talleres e investigaciones llevadas a cabo por el propio museo. En la actualidad sigue cooperando en todo tipo de actos culturales, ya sean propios, privados o públicos con el fin de promover el estudio de la antropología y la historia social en Begíjar.

En la primera sala del museo se ha instalado una capilla con un Cristo románico-bizantino de tamaño natural montado en cruz de madera de ciprés. Le rodea una completa colección de doce pinturas anónimas del Siglo XVII que representan a los Apóstoles y una talla barroca del obispo San Ambrosio.

En la segunda sala (sala de armas) del Museo de Artes y Costumbres Populares del Alto Guadalquivir está decorada con panoplias en forma de escudo con diversas armas: espadas, ballestas, hachas, alfanjes, etc. Además dispone de dos armaduras y arcones tallados, así como mobiliario de los siglos XVI y XVII.

La tercera sala (sala noble), es la que más arquitectónicamente destaca por su terminación en una bóveda de crucería gótica y sus ventanales de arcos apuntados con parteluz, también gótico. En ella se exponen tres tapices flamencos del siglo XVII, firmados por Ian Raes y cuatro bargueños formando conjunto con sus correspondientes mesas del siglo XVIII.

El edificio del museo es especialmente destacable, ya que se trata de una casa mudéjar, un hermoso edificio del siglo XIV descubierto durante unas obras. Es conocido como Casa Mudéjar y presenta un repertorio de piezas de yacimientos paleolíticos de la provincia y objetos de la Edad del Bronce excavados en el barrio del Alcázar del núcleo urbano de Úbeda. Las piezas de época romana proceden de Úbeda, la Vieja (la Colonia Salaria fundada por Augusto). También encontramos piezas procedentes del yacimiento ibérico de Castellones de Ceal y exvotos ibéricos del Santuario de Collado de los Jardines.

Cuenta con dos salas de exposición y un patio de armas, donde se concentran las piezas arqueológicas de mayores dimensiones y peso. A lo largo de la visita podemos contemplar diversos fondos, fruto del devenir histórico, cultural, arqueológico, artístico y social de Castellar.
De la época prehistórica encontramos hachas y diversos útiles de piedra.

En la planta baja se han musealizado los restos de un yacimiento de época romana: monedas, columnas de edificaciones, etc.

En la siguiente planta se exponen objetos de la cultura íbera del santuario Cueva de la Lobera, uno de los numerosos yacimientos arqueológicos del término municipal de Castellar, localidad cuyos orígenes se sitúan en el periodo final de la Edad del Cobre y principio de la Edad del Bronce.