En la primera mitad del siglo XVII se cubrió el presbiterio y se reestructuró la capilla mayor y, en el siglo XVIII se reparó el interior y se remodeló el campanario.

Su planta es muy alargada y de una sola nave dispuesta en tres tramos desiguales: El presbiterio, también alargado, cubierto con bóveda de cañón con lunetos; un espacio anterior, un poco más ancho cubierto con bóveda de aristas y flanqueado lateralmente por capillas hornacinas; el tercer tramo, está centralizado y se cubre con bóveda de media naranja sobre pechinas. En el altar mayor el pintor linarense Francisco Baños, en 1961 pintó un mural al fresco en su línea pictórica esquemática y geometrizante.

Los elementos más significativos de la fachada son:

La portada con un sencillo arco de medio punto con dovelas trapezoidales y en el cuerpo superior, una hornacina con columnas dóricas - a sus lados, placas con puntas de diamante recortadas y pináculos en los extremos- entablamiento dórico y frontón triangular.

La torre del campanario, presenta un primer cuerpo de planta cuadrada, y el segundo, de planta poligonal, rematada por un volumen cónico cubierto con teja árabe.

En Esta Iglesia se da culto a San Juan Bautista, patrón de la Villa, cuya talla poli cromada es obra del escultor santistebeño Jacinto Higueras (1940 aproximadamente). Es de estilo clásico, con proporciones armónicas y perfectas.

Una de las piezas más importantes y valiosas que se conservan en esta iglesia es una cruz de plata adornada con bajorrelieves que representan por una cara el Viejo y por otra el Nuevo Testamento.

Del 24 al 29 de junio se celebran las fiestas en honor a San Juan Bautista. Dentro de los actos lúdicos sobresalen “los encierros”, costumbre en la que los mozos corren por las calles del pueblo reses bravas hasta la plaza de toros, desde tiempo inmemorial. Por la tarde del día 24 de junio el Santo Patrón pasea por las calles del pueblo hasta llegar a la plaza de toros, al compás de pasodobles, para dar la vuelta al ruedo a modo de bendición y beneplácito de los actos populares preparados en su honor

Se dedicó a San Juan Bautista y el primer clérigo que la sirvió fue Miguel de Biedma. Durante el siglo XVII se experimentó la necesidad de ampliar aquel reducido templo, e incluso el insigne arquitecto Eufrasio López de Rojas llegó a realizar un sencillo proyecto, que no se llevó a cabo por falta de medios.

En mayo de 1785 el viceprior y mayordomo de fábrica D. Manuel de Arredondo solicitó la reforma y ampliación del templo dado su mal estado. En junio de aquel año, el maestro de obras Ramón Maroto emitió un detallado informe sobre las obras precisas para asegurar la zona antigua y ampliar el templo. Su costo se estimaba en 11.718 reales.

Autorizadas las obras, la comenzó el arquitecto Miguel de Aranderas, que en aquel momento era uno de los más acreditados de Jaén. En los trabajos intervinieron, entre otros, los canteros Agustín Peinado, Manuel Caballero, Juan de Armenteros, Juan de Ortega y Pedro Caballero las obras se realizaron con lentitud interrumpiéndose varias veces. El nuevo templo se abrió al culto en 1798. En 1829 volvió a ser objeto de alguna remodelación que dirigió el arquitecto jiennense D. Manuel Paedilla. En los sucesos de la Guerra Civil, la parroquia fue incautada el 3 de agosto de 1936 procediéndose a su desmantelamiento y perdiendo su reducido pero interesante patrimonio mueble.

En líneas generales conserva su primitiva disposición típica de la arquitectura religiosa manierista: una sola nave con reducidas capillas hornacinas marcadas en los muros; breve crucero cubierto con cúpula de media naranja; capilla abierta en el lateral para Nuestra Señora de los Dolores y coro a los pies del templo.

Conserva imágenes de Jacinto Higueras (Virgen del Rosario y Nuestro Padre Jesús) y una reducida pero selecta colección de orfebrería. La fachada principal es muy sencilla y sus líneas guardan armonía con la de la cercana Casa Consistorial.

Esta reconstrucción ha perdurado hasta principios del Siglo XXI, detectándose entonces graves problemas estructurales que obligaron a derruir la bóveda principal. (Actualmente en reconstrucción). Actualmente su interior obedece a un estilo Neogótico, con una planta de tres naves separadas por arcos apuntadas que se levantan sobre pilares que imitan a grandes jambas, que desembocan en una bóveda de nervadura, siendo la nave central más alta que las laterales. El presbiterio se encuentra elevado y presenta altar, en cuya calle central hay un camarín en el que se encuentra la Virgen de los Dolores, patrona de la localidad obra del artista granadino Navas Parejo. De su primitiva construcción solamente queda una portada, colocada actualmente a los pies de la iglesia, no siendo este su ubicación original. Esta portada fue realizada por Juan Marquina en 1531, de estilo plateresco, formada por un arco de medio punto con las dovelas decoradas por angelotes, sobre impostas y las enjutas aparecen medallones, rematada con un frontón redondo en cuyo tímpano se dispone una hornacina, con dos emblemas que originariamente eran del Cardenal Merino, todo ello sobre pilastras corintias con decoración de candelieris. En su interior junto a la ya mencionada imagen de Nuestra Señora de los Dolores, encontramos a la imagen del titular, San Juan Bautista obra de Jose Risueño, Nuestro Padre Jesús Nazareno de Palma Burgos, el Santísimo Cristo de la Expiración de José Garcés o el San Antonio, obra del escultor granadino Pedro de Mena, al que Navas Parejo añadió el Niño en 1942 (Todas estas imágenes se encuentran actualmente repartidas en las distintas Iglesias de la localidad, debido a las obras de restauración que se están llevando a cabo en la Iglesia de San Juan). Junto a la imaginería anteriormente nombrada hay que destacar el Sagrario, que fue realizado por el Arcipreste de Arjona Juan Antonio León, gracias a los donativos de oro y plata entregados por los feligreses en donativos en torno a 1950. La Iglesia de San Juan Bautista solo es mencionada una vez en el libro de Juan Eslava Galán, concretamente en la última página, pero es de gran importancia, puesto que es donde fue encontrada la lápida templaria, en un enterramiento bajo tierra (la Cripta del Barón de Velasco, Barón de Velillos en la obra).

Su planta, basilical, presenta un espacio amplio y diáfano estructurado en tres naves cubiertas con techumbre plana. Separan las naves cinco arcos de medio punto que apean sobre pilares de desigual tamaño, siendo mayores los linderos con la nave central. A ambos lados se ubican capillas. El elemento arquitectónico que destaca volumétricamente sobre el conjunto es el presbiterio, cubierto por una bóveda de media naranja sobre pechinas ornamentada con elementos geométricos trapezoidales, y al que se accede a través de un gran arco toral de medio punto. A los pies del templo y levantado sobre pilares se encuentra el coro.

Desde el punto de vista artístico el elemento más valioso es el retablo, inspirado en el modelo italiano de Vignola, más en concreto en su obra maestra, “el Gesú” de Roma, de gran interés no solo por su estructura y el uso colosal de los órdenes clásicos, sino también por la riqueza y complejidad de las iconografías tanto escultóricas como pictóricas que alberga.

Exteriormente la fábrica, que alterna la sillería regular con la irregular, diferencia la planta basilical y la cabecera del presbiterio, y tanto la portada como los vanos de ventanas del primer cuerpo de fachada son apuntados y abocinados. El cuerpo central, de altura más elevada, presenta lateralmente tres vanos circulares para dar luz a su interior. La torre es un elemento singular por la calidad de la sillería, la amplitud de sus dimensiones, el primor de los pequeños vanos de medio punto dispuestos a eje con la ventana más amplia del campanario, las sucesivas cuidadas cornisas –una adornada con gárgolas, otra moldurada–, y los cuatro jarrones que coronan sus ángulos, obra de los hermanos Juan e Iñigo Mojica (1.553)

Su interior consta de una sola planta de cajón -o de lo que también se conoce como contenedor-, dividida en tres naves que sostienen columnas de fuste liso con capiteles dóricos y arcos ojivales escasamente decorados.

Exteriormente, la iglesia presenta dos cuerpos separados por moldura con dos sobrias portadas enmarcadas por arcos de medio punto. La fachada lateral, la que mira a la Fuente de la Negra, es de mayores proporciones que la lateral que se sitúa en la perspectiva con la calle de acceso al centro del pueblo. 

El elemento más singular de la fábrica de la iglesia lo constituye su torre, ubicada lateralmente en esquina entre las dos portadas. No está exenta, sino integrada en el edificio, al que supera y añade aún un tercer cuerpo para campanario, con huecos cubiertos por arcos de medio punto.