Der befestigte Komplex von Arjona bildete seit dem Mittelalter ein komplexes und uneinnehmbares Verteidigungssystem, das aus drei ummauerten Umfriedungen bestand: einem ersten Mauerring mit 24 Türmen, die die Stadt schützten, einer Alcazaba und dem Alcázar. Es würde auch andere Verteidigungselemente wie einen Graben, der südlich der Festung dokumentiert wurde, und eine Mauer haben, die einen Listen- oder Durchgangsbereich schaffen würde. In den Mauern von Arjona öffneten sich sieben Tore, die von Türmenpaaren flankiert wurden, mit Ausnahme des Neuen Tores, das in Wirklichkeit ein Tor war. Die meisten dieser Verteidigungselemente wurden aus unregelmäßigem Mauerwerk errichtet, das als Quader bezeichnet werden kann und mit Kalk- und Sandmörtel verbunden wurde. Das heutige Plaza de Santa María wurde im Mittelalter zur Alcazaba und befand sich an der höchsten Stelle der Gegend. Eine ummauerte Anlage, in der die pfälzischen Bereiche errichtet wurden, in denen die herrschenden Klassen und das Militär untergebracht waren. An einem Ende befand sich der Alcázar, das politische Zentrum der Stadt. Der Iglesia de Santa María, der den oben genannten Platz dominiert, wird mit der primitiven Aljama-Moschee identifiziert, die vor den islamischen Palästen errichtet wurde. Daneben ist heute eine große mittelalterliche Zisterne erhalten, möglicherweise Almohaden, mit rechteckigem Grundriss und bedeckt mit 3 Tonnengewölben, die von Rundbögen getragen werden, die auf römischen Säulen ruhen, teilweise mit Inschriften. Derzeit sind noch einige Überreste der Verteidigungsanlagen erhalten, die über das Dorf verstreut sind, Türme und Leinwände, die in die Rückseiten der Häuser eingelassen sind und als Trennmauern für Häuser in den Straßen Reloj, Belén, Sol usw. dienen. Darüber hinaus gibt es Fragmente der Alcazaba-Mauer am Paseo de los Mártires, die als Stützmauer dienen. Es sind auch Zeugnisse von Leinwänden erhalten, die in die Partymauern eingebettet sind, die Hospital de San Miguel und Alcázar-Straße trennen. Die Stadt Arjona liegt auf dem Gipfel und den oberen Hängen eines flachen Hügels und beherrscht von dort aus ein großes Gebiet und die Verbindungswege zwischen dem Guadalquivir-Tal und der Campiña. Aufgrund seiner strategischen Bedeutung war es von der Vorgeschichte bis heute bewohnt.  An der Stelle, an der sich heute die Plaza de Santa María befindet, befand sich eine Siedlung aus der Kupfer- und Bronzezeit. Die Besetzung dauerte während der iberischen Zeit an, mit der Errichtung eines mittelgroßen Oppidums, das durch eine solide, mit Bastionen und Türmen verstärkte Mauer geschützt wurde, die die Fläche des heutigen Platzes überschreiten würde. Mit der Ankunft der Römer wurde die Siedlung zum Municipium von Urgavo, einer der wichtigsten Gemeinden auf politischer Ebene seit der augusteischen Zeit und eine der ersten, die das volle römische Bürgerrecht erlangte. Arjona blieb bis 412 n. Chr. in der Macht Roms, später, während der Westgotenzeit, wurde das Besatzungsgebiet auf den höchsten Bereich des Hügels reduziert. Nach der muslimischen Eroberung ließ sich die Linie der Banu Bayla im heutigen Arjona nieder, das als Qal'at Aryununa bekannt sein wird. Zu dieser Zeit wurden die Mauern verstärkt und die Zitadelle auf dem ehemaligen iberischen Oppidum errichtet. Arjona wurde Leiter eines der Hauptverwaltungsbezirke (Iqlim), in dem die Kura von Yayyan strukturiert war und von der die bestehenden ländlichen Siedlungen in ihrem Einflussbereich abhängen würden. Ende des 9. Jahrhunderts befahl der Emir Abd Allah, Arjona und Andújar zu befestigen, um die umliegende Bauernbevölkerung in diesen Städten zu konzentrieren. Die Stadt Arjona konsolidierte sich wie andere Städte im Guadalquivir-Tal zwischen dem 11. und 13. Jahrhundert als Folge der instabilen politischen Lage in al-Andalus nach dem Zerfall des Umayyaden-Kalifats und aufgrund des Drucks der christlichen Armeen. In dieser Zeit fand die größte Entwicklung der Stadt statt, die zu einer Verstärkung ihrer Verteidigungsanlagen und der Gestaltung ihres mittelalterlichen Stadtplanungsrahmens führte. Im Jahr 1232 erklärte sich der aus Arjona stammende Muhammad ibn Yusuf ibn Nasr ibn al-Ahmar (Alhamar) in Jaén zum Sultan und gründete sechs Jahre später ein neues Königreich mit der Hauptstadt Granada. Im Jahr 1244 belagerte Nuño González Arjona und die muslimischen Behörden stimmten der Kapitulation zu und übergaben die Stadt ohne Widerstand. Es wurde Teil der königlichen Ländereien und wurde zu einem der großen Räte von Villa y Tierra, in denen das Königreich Jaén strukturiert war. Im Jahr 1248 wurde ihr von König Sancho der Titel Villa verliehen. Als Entschädigung für die geleistete Unterstützung wurde die Stadt Teil der Herrschaft des Constable von Kastilien, Ruy López Dávalos, und später Teil des Besitzes von D. Álvaro de Luna, der sie schließlich an den Orden von Calatrava gegen andere Besitztümer eintauschte, wodurch sie zum Oberhaupt der Encomienda des Ordens wurde. Das Verschwinden der kastilisch-nasridischen Grenze ließ einen Großteil der Strukturen, aus denen der Arjona-Wallzaun bestand, obsolet werden. Nach einer 2008 durchgeführten Restaurierung und Musealisierung mit akustischen und visuellen Effekten, die das Geräusch und die Bewegung des Wassers imitieren, ist es zu einer touristischen Referenz in der Stadt geworden. El Aljibe ist Teil der Route der Burgen und Schlachten von Jaén. Juan Eslava Galán nutzt den Aljibe Almohad, um in seinem Roman erneut religiöse Symbolik anzubieten und sich an seine iberische Vergangenheit zu erinnern. (…) Auf dem Boden, wenige Meter vom Baphomet entfernt, befand sich eine Eisenfalle. Dies muss der Zugang zur Almohaden-Zisterne sein, von der uns der Sekretär des Rathauses erzählte – Pío folgerte daraus. „Zur Zisterne und zur Quelle“, sagte Íñiguez. Eine Quelle an einem hohen Ort heiligte einen Ort in der Religion der Iberer. Und hierher kamen die Calatravos, um die Kirche und das Bafomet zu errichten. (…) LEGENDEN Die Stute des Siegers. Al-lushi hatte eine ausgezeichnete Stute, die unter den Christen der Nachbarregionen so bekannt wurde, dass der kastilische König sie um jeden Preis kaufen wollte. Doch sein Besitzer war so sehr in das Tier verliebt, dass er es ihr verweigerte. Drei Nächte lang hörte er in seinen Träumen eine Stimme, die ihm sagte: „Geh nach Arjona und nimm die Stute mit; bitte um eine, die sie Mohammed-ben-Yusuf nennen, und sobald du ihn findest, verkaufe sie ihm, denn mit ihr wird er Jaén und andere Städte erobern, und diese Eroberung wird für zukünftige Generationen von großem Nutzen sein.“ Sie sagten ihm, dass es Alhamar sein müsse, also ging er nach Arjona. In der Burgmoschee offenbarte er seinen Traum und sie einigten sich auf einen Preis für das Tier. Ein Jahr später nahm Alhamar den Königstitel in seiner Heimatstadt Arjona an, er übernahm die Stadt Jaén und später Córdoba, Sevilla, Granada, Málaga, Almería und viele andere und war der Gründer der Nasriden-Dynastie und des Königreichs.