El Museo se encuentra dividido en siete salas:

1. Aula de Cultura "Narciso Mesa Fernández" con sala de conferencias, Biblioteca de temas y autores galdurienses y la Fototeca y videoteca "Saudar" desde mediados del siglo XIX.

2. Sala de la Historia de la ciudad.

3. Sala "José María Balboa Ruiz" espacio dedicado a las artes y costumbres populares con la reconstrucción de una vivienda y de diversos oficios.

4. Sala "T.E. Trascastillo". Dedicada a las artes y costumbres populares, con espacios para la religiosidad popular, medios de comunicación y recuerdos históricos.

5. Sala de la artesanía del esparto y cultura del olivo.

6. Sala de exposiciones temporales.

7. Museo de arte naif "Brilop" que recoge el legado pictórico de Blas T. Rivera López.

Está formado por la donación de obras originales y documentación realizada por la familia de Jacinto Higueras Fuentes en 1963, además de los premios del Certamen Internacional de Escultura que se celebra en memoria del escultor. Los espacios expositivos están articulados en torno a los dos pisos con los que cuenta el edificio

En el piso inferior encontramos una única sala, de espacios bien definidos; en ella se exponen la escultura religiosa, la familia del escultor y los monumentos. En el piso superior hay dos salas, en una se exponen retratos realizados por el escultor y en la otra los premios del Certamen Internacional de Escultura. La exposición permanente solo permite contemplar una parte del considerable volumen de la obra albergada en el museo.

De su primera ocupación (Edad del Bronce 2500-100 a. C.): Cerámica y enseres funerarios, pesas de telar, punzones o agujas, entre otras.

De la Época Romana (Dinastía Flavia S. I d. C.): Vasijas y cerámica de embalaje y de uso doméstico como platos, olla, cuencos, platos, vasos, etc.

De la Época Medieval se hace distinción entre la civilización árabe (invasión almohade) y la cristiana: Elementos decorativos y de la vida doméstica como restos de alicatados, candiles, jarras, platos, etc.

De la Época Moderna se recogen puertas de paso, llaves, arcón, caja de caudales, retratos, etc. De esta época destacar tres piezas muy significativas, la primera el cuadro de Juan de Bolaños, El viejo (único ejemplar conservado de la obra pictórica de este autor) que representa la escena de la Batalla de las Navas de Tolosa acaecida en las cercanías del castillo de Castro Ferral. La segunda es la impresionante tinaja que se muestra en el recibidor del Museo de Baeza para el almacenaje de aceite. Y, por último, la puerta conocida como de las tres llaves y que custodiaba en su día los documentos más importantes de la ciudad en el edificio de las Casas Consistoriales Altas.

Se trata pues de unas piezas que sirven a los visitantes de excelente procedimiento para conocer la vida del hombre y pinceladas de la historia de la ciudad. Pero el principal capital del Museo de Baeza es su propio público, quien al visitarlo recupera la memoria colectiva.

El Museo de Artes y Costumbres Populares reconstruye ambientes propios de los modos de vida de la provincia de Jaén de los últimos siglos, con escenarios preindustriales. En sus salas se exhiben objetos tales como aperos de labranza, cerámica, trajes típicos, mobiliario o juguetería infantil entre otros. El Museo Internacional de Arte Naif Manuel Moral, es el único museo dedicado a este arte en España. Entre sus múltiples salas encontramos obras de artistas nacionales y extranjeros.

La colección, abundantísima, está relacionada con oficios (barbero, médico, herrero, boticario, pastor, espartero, carpintero, partera, costurera, tendero...) que se exponen en unidades independientes con multitud de objetos formando ambientaciones que muestran una amplia reproducción, donde además se puede contemplar un maravilloso telar del s. XVIII y la producción textil del lino, lana y seda en la época. También se incluyen los espacios domésticos de una casa burguesa, como el salón, el dormitorio, las alacenas, etc.

El Museo de Artes y Costumbres Populares de Begíjar dispone de una biblioteca de consulta, especializada en temática antropológica con atención especial a la etnografía andaluza y temáticas afines a los contenidos del Museo.

En estos últimos años, el Museo ha realizado numerosas exposiciones temporales y ha editado diversas publicaciones relacionadas con talleres e investigaciones llevadas a cabo por el propio museo. En la actualidad sigue cooperando en todo tipo de actos culturales, ya sean propios, privados o públicos con el fin de promover el estudio de la antropología y la historia social en Begíjar.

En la primera sala del museo se ha instalado una capilla con un Cristo románico-bizantino de tamaño natural montado en cruz de madera de ciprés. Le rodea una completa colección de doce pinturas anónimas del Siglo XVII que representan a los Apóstoles y una talla barroca del obispo San Ambrosio.

En la segunda sala (sala de armas) del Museo de Artes y Costumbres Populares del Alto Guadalquivir está decorada con panoplias en forma de escudo con diversas armas: espadas, ballestas, hachas, alfanjes, etc. Además dispone de dos armaduras y arcones tallados, así como mobiliario de los siglos XVI y XVII.

La tercera sala (sala noble), es la que más arquitectónicamente destaca por su terminación en una bóveda de crucería gótica y sus ventanales de arcos apuntados con parteluz, también gótico. En ella se exponen tres tapices flamencos del siglo XVII, firmados por Ian Raes y cuatro bargueños formando conjunto con sus correspondientes mesas del siglo XVIII.