Esta reconstrucción ha perdurado hasta principios del Siglo XXI, detectándose entonces graves problemas estructurales que obligaron a derruir la bóveda principal. (Actualmente en reconstrucción). Actualmente su interior obedece a un estilo Neogótico, con una planta de tres naves separadas por arcos apuntadas que se levantan sobre pilares que imitan a grandes jambas, que desembocan en una bóveda de nervadura, siendo la nave central más alta que las laterales. El presbiterio se encuentra elevado y presenta altar, en cuya calle central hay un camarín en el que se encuentra la Virgen de los Dolores, patrona de la localidad obra del artista granadino Navas Parejo. De su primitiva construcción solamente queda una portada, colocada actualmente a los pies de la iglesia, no siendo este su ubicación original. Esta portada fue realizada por Juan Marquina en 1531, de estilo plateresco, formada por un arco de medio punto con las dovelas decoradas por angelotes, sobre impostas y las enjutas aparecen medallones, rematada con un frontón redondo en cuyo tímpano se dispone una hornacina, con dos emblemas que originariamente eran del Cardenal Merino, todo ello sobre pilastras corintias con decoración de candelieris. En su interior junto a la ya mencionada imagen de Nuestra Señora de los Dolores, encontramos a la imagen del titular, San Juan Bautista obra de Jose Risueño, Nuestro Padre Jesús Nazareno de Palma Burgos, el Santísimo Cristo de la Expiración de José Garcés o el San Antonio, obra del escultor granadino Pedro de Mena, al que Navas Parejo añadió el Niño en 1942 (Todas estas imágenes se encuentran actualmente repartidas en las distintas Iglesias de la localidad, debido a las obras de restauración que se están llevando a cabo en la Iglesia de San Juan). Junto a la imaginería anteriormente nombrada hay que destacar el Sagrario, que fue realizado por el Arcipreste de Arjona Juan Antonio León, gracias a los donativos de oro y plata entregados por los feligreses en donativos en torno a 1950. La Iglesia de San Juan Bautista solo es mencionada una vez en el libro de Juan Eslava Galán, concretamente en la última página, pero es de gran importancia, puesto que es donde fue encontrada la lápida templaria, en un enterramiento bajo tierra (la Cripta del Barón de Velasco, Barón de Velillos en la obra).

Su planta, basilical, presenta un espacio amplio y diáfano estructurado en tres naves cubiertas con techumbre plana. Separan las naves cinco arcos de medio punto que apean sobre pilares de desigual tamaño, siendo mayores los linderos con la nave central. A ambos lados se ubican capillas. El elemento arquitectónico que destaca volumétricamente sobre el conjunto es el presbiterio, cubierto por una bóveda de media naranja sobre pechinas ornamentada con elementos geométricos trapezoidales, y al que se accede a través de un gran arco toral de medio punto. A los pies del templo y levantado sobre pilares se encuentra el coro.

Desde el punto de vista artístico el elemento más valioso es el retablo, inspirado en el modelo italiano de Vignola, más en concreto en su obra maestra, “el Gesú” de Roma, de gran interés no solo por su estructura y el uso colosal de los órdenes clásicos, sino también por la riqueza y complejidad de las iconografías tanto escultóricas como pictóricas que alberga.

Exteriormente la fábrica, que alterna la sillería regular con la irregular, diferencia la planta basilical y la cabecera del presbiterio, y tanto la portada como los vanos de ventanas del primer cuerpo de fachada son apuntados y abocinados. El cuerpo central, de altura más elevada, presenta lateralmente tres vanos circulares para dar luz a su interior. La torre es un elemento singular por la calidad de la sillería, la amplitud de sus dimensiones, el primor de los pequeños vanos de medio punto dispuestos a eje con la ventana más amplia del campanario, las sucesivas cuidadas cornisas –una adornada con gárgolas, otra moldurada–, y los cuatro jarrones que coronan sus ángulos, obra de los hermanos Juan e Iñigo Mojica (1.553)

Su interior consta de una sola planta de cajón -o de lo que también se conoce como contenedor-, dividida en tres naves que sostienen columnas de fuste liso con capiteles dóricos y arcos ojivales escasamente decorados.

Exteriormente, la iglesia presenta dos cuerpos separados por moldura con dos sobrias portadas enmarcadas por arcos de medio punto. La fachada lateral, la que mira a la Fuente de la Negra, es de mayores proporciones que la lateral que se sitúa en la perspectiva con la calle de acceso al centro del pueblo. 

El elemento más singular de la fábrica de la iglesia lo constituye su torre, ubicada lateralmente en esquina entre las dos portadas. No está exenta, sino integrada en el edificio, al que supera y añade aún un tercer cuerpo para campanario, con huecos cubiertos por arcos de medio punto.

El proyecto lo realiza D. Manuel Sancho Sánchez, maestro de cantería, encargando la construcción a un gran albañil llamado D. Benito el Santo. Se establecen las condiciones entre las que destacan la realización de dos danzas de arcos para separación de las tres naves del templo, teniendo cada danza tres arcos, resultando un total de nueve tramos. La portada principal y la torre campanario quedó a cargo del maestro de cantería D. Manuel Sancho Sánchez. La construcción de la iglesia debió terminarse de forma provisional para poder celebrar los Santos Oficios. En 1618 se construye el Retablo Mayor, es destruido en la Guerra Civil Española, ocupaba todo el testero del presbiterio levantado sobre pedestal con relieves en dos pisos muy elevados, estaba rematado con un ático terminado en frontón roto con tímpano donde estaba la figura del Padre Eterno sosteniendo en su diestra la esfera del mundo.

Ambos pisos y el ático marcaban tres calles, siendo la central más ancha que las laterales y separadas con columnas corintias pareadas y adelantadas sobre el plano general del retablo. En las calles laterales se enmarcaban relieves con escenas de la vida de Jesucristo y de la Virgen. La calle central la ocupaba un gran Sagrario-manifestador en el segundo piso, un relieve con el misterio de la Encarnación. El ático lo presidía un calvario con figuras de Cristo Crucificado, la Virgen Ruinas de un pasado glorioso en y San Juan. La figura del Padre Eterno, cerraba todo el conjunto que además contaba con esculturas de Santos sobre los capiteles y cornisas. Las calles laterales se remataban con escudos del Obispo D. Baltasar de Moscoso y Sandoval que rigió la Diócesis en 1618. Su estilo era renacentista de transición al Barroco, y estaba decorado con elementos propios de la época, pero sin demasiados adornos. El presbiterio se completaba en sus paredes laterales, con dos grandes cuadros pintados al óleo.

El órgano se colocó en el coro a mediados del XVIII. Las campanas se instalaron en 1858. En la fachada de la torre que da a la plaza principal y bajo la campana mayor, si instaló en 1906, un reloj de época con esfera en números romanos, costeado por la Junta de reparación del templo y cedido al Ayuntamiento para su conservación; es del denominado "sistema redondo" con péndulo compensador. Fue adquirido a D. Lorenzo Redondo, vecino de Cuenca.

Disponía de martillo que daba las horas en la campana. En la década de los 80, se anuló la maquinaria del reloj y se colocó un dispositivo electrónico en su lugar para seguir marcando las horas y las campanadas. En 1996, se retira la antigua maquinaria, se restaura y actualmente se encuentra en un expositor en el Salón de Plenos del Ayuntamiento.

Posee una sola nave y dos cuerpos adosados a ambos lados penetrando en los mismos a través de dos arcos de medio punto con molduras renacentistas; uno sirve para sacristía con cubrición adintelada mientras que el otro, al parecer antiguo baptisterio, se cubre con una bóveda gótica estrellada con sus diagonales y terceletes.

La nave queda cubierta toda ella con tres bóvedas góticas estrelladas simples con sus terceletes, destacando la del presbiterio por su mayor riqueza de composición, pues si todas tienen sus diagonales, terceletes y ligaduras, aquí aparecen unos combados rectos; las nervaduras recaen en unos arcos perpiaños de medio punto que tienen continuación en unas elevadas medias columnas adosadas a los muros que acaban en basamentos con molduras góticas; en la cabecera lo hacen en una especie de ménsula al igual que en los pies, en donde se abre en el grueso del muro un ventanal gótico de imitación a semejanza con el que existe en el lado derecho junto al presbiterio.

A ambos lados de la nave se abren dos capillas, cubiertas las cuatro con bóvedas góticas con sus terceletes y diagonales descansando en ménsulas; la segunda de la izquierda hace las veces de entrada al templo y es donde se encuentra el cancel que da salida a la portada plateresca en el lado norte de la plaza de la Rueda. La ubicación actual de la portada es distinta a la original que se situaba dos capillas a la izquierda.

El banco está muy modificado así como los paños frontales de la calle central entrecalle y calles laterales, que albergan santos modernos y decoraciones impropias(téngase en cuenta que la iglesia fue saqueada y ardió en parte durante los primeros días de la Guerra Civil). De finales del siglo XVI está compuesto en su primer piso por columnas con capiteles jónicos, el segundo por columnas de capiteles corintios, terminando las calles laterales con frontones triangulares con entablamento clásico. En el ático un Cristo moderno sustituye a lo que debió ser un Calvario; En él y a los pies del Cristo tenemos la siguiente inscripción que nos informa de sus constructores, materiales y del año.

Exteriormente posee buenas proporciones a las que contribuyen los cuerpos de la sacristía y antiguo baptisterio y las capillas. Recorre todo el templo un alero de gotas góticas (alero de la nave). Tiene dos contrafuertes que ejercen la función de sostener el empuje de la bóveda de la capilla mayor.

En su lado del techo tenemos la única portada de entrada a la parroquia, muy mutilada por los agentes físicos y humanos. Es una de las primeras muestras del plateresco en la provincia de Jaén conectado con el plateresco de la zona de Albacete. Está compuesta por un arco de medio punto cuyas dovelas se hallan decoradas con molduras renacentistas y como motivo central en cada una de ellas por querubines. Está enmarcada por unos pilares muy gastados en los cuales se conserva una hornacina. En las enjutas tenemos dos espléndidos y muy clásicos medallones renacentistas con relieves humanos de perfil.