Se trata de una iglesia de origen gótico, y en su interior destacan entre otros aspectos importantes: sus altas dimensiones, los arcos apuntados y las bóvedas de tipo sexpartitas con que se cubre su nave central; así como un artesonado profusamente decorado que se encuentra bajo el coro. Al exterior presenta un magnífico conjunto arquitectónico donde sobresale su robusta torre, de cuerpo superior de campanas ochavado sobre otros de base cuadrada y sección decreciente, rematada por los clásicos jarrones de piedra en esquina y un puntiagudo chapitel; el cuerpo general de la iglesia realizado en piedra de gran belleza cromática; y tres portadas, de ellas la más interesante, la situada en su fachada sur, de bella factura plateresca, fechada en el año 1530, con tres hornacinas cobijadas por un tejadillo entre contrafuertes y un pequeño rosetón superior.

Alberga en su interior un grandioso retablo, obra de Francisco Palma Burgos. También destacan el púlpito, el coro y la pila bautismal de mediados del siglo XVIII. Pero sus elementos más importantes es el Sagrario, una de las joyas del arte sacro de la provincia de Jaén, data del siglo XVII, construido en madera de ébano, marfil, plata y concha de carey, y compuesto por templete con cúpula barroca enmarcado por cuatro columnas de concha con capiteles y basamentos de plata

La completa un campanario, simulando una espadaña, colocado en el muro que une la cabecera con el resto del cuerpo del templo, cerrando la lonja que bordea la única nave. En su interior se adapta a la forma de cruz latina y cuenta con un retablo de origen renacentista y una pila bautismal de mármol blanco a la que sus feligreses tienen en gran estima.

Esta iglesia muestra varias fases constructivas entre los siglos XVI y XVIII, terminándose en el año 1928. Se empezó a construir en el s. XVI por Andrés de Vandelvira responsable según todas las fuentes del trazado de la iglesia. Luego parece que las obras se interrumpieron en 1575, posiblemente por la muerte del arquitecto. Las obras se volvieron a emprender en 1614 por iniciativa del cardenal Baltasar Moscoso.
Es de estilo renacentista andaluz, de la escuela de Vandelvira. La torre y el sotocoro los edificó Eufrasio López de Rojas. En su largo proceso constructivo intervinieron los grandes maestros que en esas fechas trabajaban en la provincia: Andrés de Vandelvira, Juan de Aranda, Eufrasio López de Rojas y Ventura Rodríguez. El interior es de planta de salón con tres naves, cubierta la central con bóvedas semiesféricas y baídas las laterales. Las pinturas al fresco en la bóveda izquierda del crucero (siglos XVI-XVII) se reconocen San Esteban, San Sebastián, San Lorezno, San Antonio, San Nicolás, San Lucas y Santa Águeda. 
La reorganización del espacio interno la planteó Juan de Aranda, construida en el siglo XVII, diseñando un coro en alto para aprovechar el amplio hueco que quedaba entre los estribos, también realizó la Portada principal: Manierista tanto en su concepto como en ornamentación, labrada en piedra y estructurada a modo de retablo. Sus elementos más llamativos son el arco de medio punto que abre la puerta, las dobles columnas que la flanquean, los motivos ornamentales como punta de diamante o los estructurales como pilastras y frontones partidos semicirculares.
A partir de 1670 López de Rojas obró el coro, cubrió el sotocoro con bóvedas de cañón con lunetos y trazó la torre, otro de los referentes destacados del templo. Su base cuadrangular y primer cuerpo, carente de decoración, lo apuntalan fuertes estribos. En 1775 se haría cargo de levantar el segundo cuerpo de la torre, Ventura Rodriguez. Bóveda del crucero, con pinturas que representan a los Evangelistas y a los Padres de la Iglesia, y una inscripción que reza: "Acabóse año de mil seiscientos veintiocho, siendo Sumo Pontífice Urbano VIII, reinando Filipo IV, siendo Obispo de Jaén el Cardenal Sandobal i Moscoso, prior el Doctor Martín Láñez Dávila y obrero El Mº Antonio Cobos"
Se conserva un fragmento del retablo original del altar mayor (siglo XVII) de Gil Fernández y Diego de Landeras, en la sacristía.
Fue declarada Monumento Histórico en 1983

En la primera mitad del siglo XVII se cubrió el presbiterio y se reestructuró la capilla mayor y, en el siglo XVIII se reparó el interior y se remodeló el campanario.

Su planta es muy alargada y de una sola nave dispuesta en tres tramos desiguales: El presbiterio, también alargado, cubierto con bóveda de cañón con lunetos; un espacio anterior, un poco más ancho cubierto con bóveda de aristas y flanqueado lateralmente por capillas hornacinas; el tercer tramo, está centralizado y se cubre con bóveda de media naranja sobre pechinas. En el altar mayor el pintor linarense Francisco Baños, en 1961 pintó un mural al fresco en su línea pictórica esquemática y geometrizante.

Los elementos más significativos de la fachada son:

La portada con un sencillo arco de medio punto con dovelas trapezoidales y en el cuerpo superior, una hornacina con columnas dóricas - a sus lados, placas con puntas de diamante recortadas y pináculos en los extremos- entablamiento dórico y frontón triangular.

La torre del campanario, presenta un primer cuerpo de planta cuadrada, y el segundo, de planta poligonal, rematada por un volumen cónico cubierto con teja árabe.

En Esta Iglesia se da culto a San Juan Bautista, patrón de la Villa, cuya talla poli cromada es obra del escultor santistebeño Jacinto Higueras (1940 aproximadamente). Es de estilo clásico, con proporciones armónicas y perfectas.

Una de las piezas más importantes y valiosas que se conservan en esta iglesia es una cruz de plata adornada con bajorrelieves que representan por una cara el Viejo y por otra el Nuevo Testamento.

Del 24 al 29 de junio se celebran las fiestas en honor a San Juan Bautista. Dentro de los actos lúdicos sobresalen “los encierros”, costumbre en la que los mozos corren por las calles del pueblo reses bravas hasta la plaza de toros, desde tiempo inmemorial. Por la tarde del día 24 de junio el Santo Patrón pasea por las calles del pueblo hasta llegar a la plaza de toros, al compás de pasodobles, para dar la vuelta al ruedo a modo de bendición y beneplácito de los actos populares preparados en su honor

Se dedicó a San Juan Bautista y el primer clérigo que la sirvió fue Miguel de Biedma. Durante el siglo XVII se experimentó la necesidad de ampliar aquel reducido templo, e incluso el insigne arquitecto Eufrasio López de Rojas llegó a realizar un sencillo proyecto, que no se llevó a cabo por falta de medios.

En mayo de 1785 el viceprior y mayordomo de fábrica D. Manuel de Arredondo solicitó la reforma y ampliación del templo dado su mal estado. En junio de aquel año, el maestro de obras Ramón Maroto emitió un detallado informe sobre las obras precisas para asegurar la zona antigua y ampliar el templo. Su costo se estimaba en 11.718 reales.

Autorizadas las obras, la comenzó el arquitecto Miguel de Aranderas, que en aquel momento era uno de los más acreditados de Jaén. En los trabajos intervinieron, entre otros, los canteros Agustín Peinado, Manuel Caballero, Juan de Armenteros, Juan de Ortega y Pedro Caballero las obras se realizaron con lentitud interrumpiéndose varias veces. El nuevo templo se abrió al culto en 1798. En 1829 volvió a ser objeto de alguna remodelación que dirigió el arquitecto jiennense D. Manuel Paedilla. En los sucesos de la Guerra Civil, la parroquia fue incautada el 3 de agosto de 1936 procediéndose a su desmantelamiento y perdiendo su reducido pero interesante patrimonio mueble.

En líneas generales conserva su primitiva disposición típica de la arquitectura religiosa manierista: una sola nave con reducidas capillas hornacinas marcadas en los muros; breve crucero cubierto con cúpula de media naranja; capilla abierta en el lateral para Nuestra Señora de los Dolores y coro a los pies del templo.

Conserva imágenes de Jacinto Higueras (Virgen del Rosario y Nuestro Padre Jesús) y una reducida pero selecta colección de orfebrería. La fachada principal es muy sencilla y sus líneas guardan armonía con la de la cercana Casa Consistorial.

Su planta, basilical, presenta un espacio amplio y diáfano estructurado en tres naves cubiertas con techumbre plana. Separan las naves cinco arcos de medio punto que apean sobre pilares de desigual tamaño, siendo mayores los linderos con la nave central. A ambos lados se ubican capillas. El elemento arquitectónico que destaca volumétricamente sobre el conjunto es el presbiterio, cubierto por una bóveda de media naranja sobre pechinas ornamentada con elementos geométricos trapezoidales, y al que se accede a través de un gran arco toral de medio punto. A los pies del templo y levantado sobre pilares se encuentra el coro.

Desde el punto de vista artístico el elemento más valioso es el retablo, inspirado en el modelo italiano de Vignola, más en concreto en su obra maestra, “el Gesú” de Roma, de gran interés no solo por su estructura y el uso colosal de los órdenes clásicos, sino también por la riqueza y complejidad de las iconografías tanto escultóricas como pictóricas que alberga.

Exteriormente la fábrica, que alterna la sillería regular con la irregular, diferencia la planta basilical y la cabecera del presbiterio, y tanto la portada como los vanos de ventanas del primer cuerpo de fachada son apuntados y abocinados. El cuerpo central, de altura más elevada, presenta lateralmente tres vanos circulares para dar luz a su interior. La torre es un elemento singular por la calidad de la sillería, la amplitud de sus dimensiones, el primor de los pequeños vanos de medio punto dispuestos a eje con la ventana más amplia del campanario, las sucesivas cuidadas cornisas –una adornada con gárgolas, otra moldurada–, y los cuatro jarrones que coronan sus ángulos, obra de los hermanos Juan e Iñigo Mojica (1.553)