La totalidad del trazado del sendero se ha definido en 28 etapas lineales y una variante circular en la provincia de Sevilla, todas ellas asequibles para realizar a lo largo de una jornada de senderismo, las cuales tienen su inicio y fin en los municipios por los que discurre el sendero, o bien, en lugares donde es posible comer y pernoctar, como por ejemplo el Santuario de la Virgen de la Cabeza en la Sierra de Andújar.
En la provincia de Jaén el GR 48 se define en 5 etapas, entre las cuales, tenemos algunas de las más largas de toda Sierra Morena, aunque sin menoscabo del resto de itinerarios que recorren las otras tres provincias, son las más apreciadas por los senderistas debido a su singular belleza.
A lo largo del recorrido jiennense del GR 48 destacan las mezclas de paisajes, en los que encontraremos alternancia entre la típica dehesa de Sierra Morena, donde pastan las ganaderías, y los abruptos desniveles de los montes de la Sierra de Andújar y las estribaciones de Despeñaperros, donde los desfiladeros, barrancos y altitudes medias definen una belleza paisajística evocadora de las latitudes de alta montaña.
El sendero en Sierra Morena de Jaén está estructurado en 5 etapas, cuyo recorrido nos llevará desde Marmolejo hasta el centro urbano de Santa Elena, acercándonos a hitos importantes de esta sierra, como el Santuario de la Virgen de la Cabeza, el gran patrimonio histórico de Baños de la Encina o las dehesas mineras del entorno de La Carolina, todo ello a través de paisajes cambiantes, donde la dehesa mediterránea se funde con la naturaleza más abrupta, en una mezcla de paisajes espectaculares, cambiantes en su colorido a lo largo del año, y que tienen en otoño y en primavera su punto álgido.
Pero no todo en este itinerario es paisaje, la falta de núcleos urbanos importantes en el corazón de la sierra ha permitido un excepcional estado de conservación, donde el avistamiento de aves y mamíferos es más que asequible en casi cualquier punto del recorrido del GR 48.
La gran biodiversidad de este territorio nos proporciona la oportunidad de contemplar especies únicas, tanto faunísticas como botánicas. No olvidemos que en esta zona tiene uno de sus últimos reductos el Lince Ibérico, en la Sierra de Andújar, además de otras especies protegidas como el Buitre Negro o el Águila Real. Ni que decir tiene que siendo este territorio una de las zonas cinegéticas más importantes de España, el avistamiento de grandes mamíferos es más que frecuente, casi habitual (Ciervos, gamos y jabalíes). Grandes dehesas bovinas con manadas de toros bravos, son otro atractivo, más frecuente en el transitar del sendero hacia el noreste de la provincia, en el tramo intermedio entre el Parque Natural Sierra de Andújar y el Parque Natural de Despeñaperros.
Además de las especies mencionadas, los aficionados a la herpetología encontrarán a lo largo del trazado jiennense del GR 48 una buena comunidad de anfibios, con presencia de especies exclusivas de la Península Ibérica como el sapillo pintojo ibérico, tritón ibérico y el sapo partero ibérico.
La vegetación que nos encontramos en este caminar es el típico bosque y matorral mediterráneo, con un predominio de encinares con jaras, lentiscos y acebuches. Todo ello complementado con ejemplos de las forestaciones de coníferas de mediados del siglo XX, pinares distribuidos sobre todo en el entorno de la Sierra de Andújar y las inmediaciones de Santa Elena, en Despeñaperros. En los cauces de los arroyos y ríos por los que discurre el GR 48 también podremos apreciar bosques de ribera, como el del arroyo Los Santos en la primera etapa, el del río Jándula en la segunda y el del río de la Campana en la última.
Para recorrer el GR 48, hay que tener en cuenta que las etapas son largos recorridos ideales para realizar en jornadas completas. Cada punto de inicio y final de etapa son lugares de avituallamiento, sin embargo, sobre todo en las etapas más largas, es recomendable llevar abundante remesa de agua, ya que Sierra Morena es un territorio típicamente seco y no abundan las fuentes donde calmar la sed. Además, hay que cuidar la época del año para su recorrido, ya que los veranos de Sierra Morena son bastante calurosos, alcanzando altas temperaturas en la época estival, lo que obliga a planificar cuidadosamente los horarios, alternando las caminatas con el descanso, si se desea realizar el sendero en los meses de verano, sobre todo julio y agosto.
Además del placer para los sentidos que supone el caminar por este sendero, cada una de las etapas nos lleva a enclaves muy interesantes que nos muestran el rico patrimonio que las distintas civilizaciones han dejado en nuestra provincia. A lo largo del sendero encontraremos motivos suficientes para realizar algún que otro pequeño desvío y acercarnos a la Antigüedad con los diversos yacimientos arqueológicos y pinturas rupestres, a la Edad Media con el fabuloso Patrimonio Medieval de Baños de la Encina o la cercanía del campo de batalla de la Batalla de las Navas de Tolosa en Santa Elena, o bien, comprobar la huellas de nuestro pasado más reciente con la belleza de los trazados urbanísticos de las Nuevas Poblaciones de Sierra Morena y los restos mineros que las rodean.
