Según F. Escolano Gómez, el 14 de mayo de 1565, Pedro Hernández de Baeza, prior de la iglesia parroquial de San Andrés, rinde cuentas por mandato del obispo Diego de los Cobos, del cargo y descargo de la fábrica de los años 1562 a 1564; en el descargo del año 1564 se le pagan a Andrés de Vandelvira 3.740 maravedís “(...) por la traça de la capilla mayor que hizo (...)”; consta además que la fábrica se prosiguió entre los años 1565 a 1570 y que en 1572 Alonso Barba, maestro del obispado, vino a ver la obra “(...) que hizo Miguel Ruiz, obrero de la Iglesia (...)”. Otros apuntes al respecto figuran en los años 1575, 1576 y 1577, estando en este último al frente de la maestría el cantero Juanes de Izpino o Azpino. En las cuentas de los años 1604-1610 hay constancia de una “... segunda obra de la capilla...”. Resulta difícil precisar en la actualidad los vestigios vandelvirianos conservados en dicha capilla mayor, ya que sufrió una importante intervención en siglo el XVII, amén de numerosas restauraciones posteriores.

En cualquier caso queda documentada su participación en el proceso constructivo de esta monumental iglesia gótica, cuyo inicio cabe situar bajo el mandato del prelado don Alonso Suárez de la Fuente el Sauce (1500.1520), cuyos escudos campean en la delicada portada plateresca abierta en el lado Este. Contigua a ella se alza una espléndida torre de campanas, con bella crestería plateresca, levantada en tiempos del obispo don Gabriel Esteban Merino (1523-1535). Digna de destacar es también la portada Oeste, labrada por mandato del obispo don Diego Tavera (1555-1560). No conserva el templo en su interior la original techumbre de madera, de la que tan solo queda una parte a nivel del coro. La importancia de esta iglesia para la ciudad de Baeza es debida, al margen de lo artístico, a que en ella se veneran los Patronos locales, San Andrés Apóstol y Nuestra Señora del Alcázar.

OTRAS MANIFESTACIONES ARTÍSTICAS NO ARQUITECTÓNICAS.

Preside la capilla mayor un bello retablo, que en opinión de la profesora Luz de Ulierte es “(...) uno de los mejor tallados, poli cromados y dorados de toda la diócesis, tanto su arquitectura como sus esculturas (...)”. Estilísticamente se inserta dentro del círculo de Sebastián de Solís y Gil Fernández, aunque realizado por los hermanos Blas y Juan de León, entre 1629 y 1633. El programa iconográfico está conformado por los doce Apóstoles, Cristo Crucificado con la Virgen y San Juan. En el camarín, la Virgen del Alcázar, patrona de la ciudad, es talla gótica, aunque reformada en el siglo XVIII. A los pies del templo son destacables la sillería de coro y un lienzo de la Divina Pastora en la capilla bautismal, piezas del siglo XVIII. Dieciochesca es también una bella Inmaculada Concepción. En la sacristía se conservan nueve tablas procedentes de un retablo de la desaparecida Colegiata, atribuidas al pintor Francisco Sánchez en las últimas décadas del siglo XV. En ellas se representan el Nacimiento, la Adoración de los Magos, la Circuncisión, la Presentación de Jesús en el templo, la última Cena, el Prendimiento, El Calvario, la Ascensión de Jesús y la Asunción de la Virgen.

Su portada que coincide con la nave central se eleva verticalmente con una puerta adintelada que va precedida de unas escalinatas, y, sobre ella, en el mismo eje, una estilizada ventana con arco de medio punto. Presenta también otra ventana circular resaltada igualmente respecto al muro, y, cerrando, en lo alto, la fachada principal, una pequeña cruz de piedra, que marca el eje central. La supera en altura la torre, de base cuadrada, situada a la derecha de nuestra vista, con tres cuerpos separados por dos cornisas y esquinas reforzadas, y en el campanario, grandes huecos con arcos de medio punto y tejas a cuatro aguas. Para visitar: horario de culto.

En su exterior exhibe una encomiable dignidad y singularidad a pesar de la sencillez constructiva y de las limitaciones presupuestarias. La portada principal se levanta sobre una pequeña escalinata y queda enfatizada por la torre del campanario de la iglesia, sobre la que curiosamente se ubica en su primer cuerpo. Su disposición es, sin embargo, la tradicional: arco de medio punto con filetes en las impostas, enmarcado por columnas corintias simétricamente moduladas que se levantan sobre pedestales que, a su vez, dan perspectiva de profundidad a la portada y sostienen el entablamento, cuyo friso contiene un texto epigráfico. La remata un frontón triangular con saliente sostenido por ménsulas. Lo más significativo, sin duda, es el bucráneo manierista del segundo cuerpo de la torre, una especie de máscara ornamental con guirnaldas, inspirada en los dibujos de Serlio, que denota muy a las claras la autoría de Francisco del Castillo. El tercer cuerpo acoge las campanas y termina en forma de chapitel. Presenta otra portada sobre un muro de mampostería, escasamente decorado, en el lado oeste, con pilastras adosadas y arco de medio punto con frontón triangular. Repite el esquema en un segundo cuerpo, a pequeña escala, para acoger una hornacina con la imagen en piedra de la Virgen. La iglesia fue declarada en 1994 Bien de Interés Cultural.

La torre se proyecta al exterior mediante un volumen de planta cuadrada adosado a los pies del templo. Este, presenta planta basilical de tres naves separadas por arcos apuntados con óculo sobre sus vértices, apeados en soportes poligonales con capiteles de gran diversidad y riqueza en su labra, de inspiración protorománica. La cubierta de la nave central es plana, formada por jácenas que apean sobre canes. Esta misma cubierta se aprecia en las naves laterales aunque con suave inclinación hacia los muros perimetrales. A la izquierda presenta la adición de dos cuerpos, uno de planta cuadrangular y otro de planta rectangular. En el ala del Evangelio se abren dos capillas-hornacinas, la más próxima a la zona del presbiterio es de planta rectangular y se cubre por bóveda de medio cañón con arcos fajones falsos que apean en ménsulas. Tras un arco apuntado se accede al camarín cubierto por cúpula de media naranja sobre pechinas. El crucero y parte de la sacristía fueron reformados en el XVII.

En 1952 fue rehecha su cubierta, elevándose sus muros unos dos metros. El presbiterio, de testero plano, queda enlazado por la planta basilical a través de tres arcadas, apoyadas en potentes pilares de piedra de sección cuadrada, cuyo vano central ofrece mayor altura y luz que los laterales. Paralela a la zona presbiteral se sitúa la Sacristía cubierta por bóveda de cañón con cuatro lunetos y en la que se conserva el único escudo existente del momento, cuya heráldica refleja las armas del Obispo don Baltasar Moscoso y Sandoval (1619-1646).

Exteriormente, la iglesia presenta en la fachada principal una portada barroca (labrada a partir del Siglo XVII) con arco de medio punto, moldura abocetada y clave resaltada con acanto. A los lados la flanquean dos columnas exentas sobre plintos ornados por punta de diamante. Se remata por un frontón partido donde sus vértices se coronan por pináculos con bolas. A los pies del templo hay una poterna del primitivo castillo árabe conformada por un marco de medio punto de amplias dovelas, enmarcado por alfiz rectangular.

Fue declarada Bien de Interés Cultural (B.I.C), con la categoría de monumento, por el Decreto 226/1992, de 30 de diciembre de 1992, bajo la protección de la Declaración genérica del Decreto de 22 de abril de 1949, y la Ley 16/1985 sobre el Patrimonio Histórico Español.

En su interior existe una pintura sobre pared cubriendo el amplio espacio absidal. Su iconografía recoge tres temas principales: La Coronación de la Virgen, La Ascensión del Señor y La Visitación.

En la fachada de la Iglesia se puede contemplar un impresionante fresco. De su exterior destaca la torre campanario de base cuadrada en un pináculo de teja.

La entrada a la segunda fábrica se hace a través de un arco de diafragma apuntado. Tiene un retablo renacentista presidido por la Virgen de la Asunción. Las dos portadas, están protegidas con guardapolvo de madera entre contrafuertes. Son renacentistas A los pies se encuentra la torre del siglo XVI, que tiene tres cuerpos, el último con huecos para campanas y acabado en capitel piramidal.

Sus portadas son de sencilla estructura pero de gran interés ornamental. La principal, del XVII, abre con arco de medio punto, entre columnas jónicas, decorado geométricamente con rombos al estilo manierista. En el centro una hornacina acoge una escultura de la Inmaculada. Cuenta con otras dos portadas, ambas con arco de medio punto, la portada norte de 1570, con cuidados flameros en los extremos de la cornisa, que se atribuye a Francisco del Castillo “el Mozo” y a su hermano Benito; y la portada sur, fechada en 1620, con escudo ovalado, aletones y pináculo.