La fábrica gótica, que apenas sufrió en el saqueo de la ciudad en torno a 1368, casi estaba ultimada hacia 1377, fecha en la que tan solo restaban por construir las portadas y la torre. A lo largo del siglo XVI este templo, construido íntegramente en piedra de cantería, tuvo una serie de intervenciones que provocaron un cambio muy importante, tanto arquitectónicamente como en sus bienes muebles, de tal forma que siendo como era un templo esencialmente gótico, sin embargo la incorporación de piezas renacentistas le infunden una imagen ciertamente renovadora y muy bella.

Aunque la portada de poniente se traza en estilo tardo gótico bajo el obispado de Alonso de la Fuente el Sauce (1500- 1520), el resto de las obras desarrolladas a lo largo del siglo XVI serán ya decididamente renacentistas, en algunas de las cuales hay constancia documental de la intervención de Andrés de Vandelvira. A Vandelvira tradicionalmente se le ha venido atribuyendo la gran portada de la capilla del deán Ortega, fechada en 1537; aunque documentalmente no puede probarse como obra suya, sin embargo ciertos elementos arquitectónicos, como el uso de columnillas, la relacionan con otras de juventud como la portada del Pósito de su ciudad natal, Alcaraz, o la también ubetense portada claustral de Santa Clara.

La portada, muy rica en cuanto a los elementos decorativos -probablemente labrados por el escultor Esteban Jamete-, está formada por un gran arco de medio punto flanqueado por columnas corintias sobre basamentos con calaveras, en las enjutas maceros, en el friso figuración alegórica; se corona el conjunto con el blasón nobiliario de la familia del deán Ortega inserto en un tondo adornado con bella decoración escultórica y cartelas con inscripciones.

A partir de la segunda mitad del quinientos el viejo templo se enriqueció con otras piezas en las que Vandelvira participa directamente, y cuyo conocimiento debemos a V. M. Ruiz Fuentes. En 1564 se contrataba con el cantero Pedro de Gorostiaga la portada de los pies y la bóveda encasetonada que cubre el acceso al interior del templo por este lado, que debían realizarse con arreglo a las trazas y condiciones de Vandelvira. De Vandelvira es también la bellísima capilla bautismal cubierta con una bóveda de casetones abocinada -semejante al ochavo de La Guardia, aunque de menores proporciones-, que se está realizando, junto con la escalera, el pozo y pila contiguos, en 1553 por los canteros Tomás Gil de Donesteban y Pedro de Regil, a quienes se la había cedido Vandelvira.

A instancias del obispo Diego de los Cobos (1560-1565) se construyeron, al margen de la citada portada de los pies, una gran portada de acceso a la vieja sacristía con las armas del prelado y diseño manierista y tras esta una nueva sacristía de traza rectangular, cuya ejecución material estuvo a cargo de Pedro de Gorostiaga, aunque con toda probabilidad bajo la dirección de Vandelvira.

Con todo, dejando a un lado la gran portada de la capilla del Deán, la obra más específicamente vandelviriana es la portada de los pies, cuyo trazado, en opinión de Arsenio Moreno Mendoza, constituye en sí una de las obras manieristas más experimentales y vigorosas de toda la arquitectura del siglo XVI. Responde su esquema a un arco triunfal de medio punto con dobles columnas a los lados elevadas sobre basamentos y entre ellas hornacinas aveneradas; sobre el entablamento un gran arco central para cobijar la escultura del Santo titular y dos más pequeños con veneras sobre los cuales campean las armas del obispo Diego de los Cobos, mientras que sobre la rosca del arco central se asientan dos figuras que sostienen un segundo entablamento con Dios Padre sobre él con frontón triangular como remate y flameros a los extremos.

Esta singularísima composición arquitectónica se ameniza con abundante decoración escultórica, en parte desaparecida y, en general, en mal estado de conservación, debida probablemente a Lorenzo Brogio, de posible ascendencia italiana.

OTRAS MANIFESTACIONES ARTÍSTICAS NO ARQUITECTÓNICAS

La excelente arquitectura gótico-renacentista de esta parroquia se completa igualmente con algunas piezas muebles de gran valor artístico. La capilla del deán Ortega es sin duda la más suntuosa, pues aún mantiene su original reja, forjada en el siglo XVI por el ubetense Juan Álvarez de Molina, con bellísimos motivos renacentistas, el escudo del Deán y en la crestería la Asunción de la Virgen rodeada por ángeles tañiendo instrumentos musicales; el interior solo conserva parte de su retablo renacentista, en cuya ejecución intervinieron el pintor Julio de Aquiles y el escultor Juan de Reolid, pero incorporando en él estilemas vandelvirianos.

Ya en la iglesia, son dignos de destacar el púlpito en forja con el escudo del obispo Diego de los Cobos (1560-1565) y los restos de la sillería de coro, tallada a mediados del siglo XVIII. Dentro de la imaginería contemporánea cabe resaltar el conjunto de la Santa Cena, obra de Amadeo Ruiz Olmos, y un Jesús Resucitado, talla de Francisco Palma Burgos.

La parroquial de San Miguel, extinguida como tal en el año 1843, forma parte del conjunto de templos arruinados en el siglo XIX, sin embargo su fábrica gótico-mudéjar, más los elementos añadidos en el siglo XVI como la torre y la portada, han tenido mejor suerte que las de San Pedro, Santa Cruz, Santiago, Salvador o San Lorenzo, de las que tan solo una concienzuda labor arqueológica aportaría ciertos datos sobre su conformación.

De San Miguel aún persisten entre las viviendas contiguas los siguientes restos: el ábside de la iglesia con ventanas de ladrillo de tradición mudéjar, la cripta, una de las capillas laterales, parte de la torre, el muro lateral de la sacristía, algunas ménsulas de la nave central y su hermosa portada. La conservación de esta portada fue motivo de preocupación para los historiadores del siglo XIX; especialmente significativa es la descripción que de ella y de la iglesia hizo Pi y Margall en 1885: “La portada de la iglesia de San Miguel y una de la catedral revelan hasta en sus menores detalles, elegancia, delicadeza, y gusto. ¡Qué lástima que esté condenada a desaparecer tan linda obra! La iglesia a que abría paso, es ya un patio donde las aguas del cielo hacen crecer la yerba; y está la portada sola, completamente aislada. ¿Quién dudará que se derribe?”.

Afortunadamente la preocupación por la suerte de esta singular pieza también caló en las autoridades locales. En 1918 el Concejo de Jaén acordó promover el expediente para su declaración como monumento artístico. En 1920 se proyectó el traslado a la iglesia de San Pedro, por entonces en reconstrucción, aunque en la actualidad nada queda de ella. Pero no sería en este templo donde por fin se ubique, sino en el futuro Museo Provincial, aprobado en el citado año de 1920 siendo ministro de Instrucción Pública y Bellas Artes el giennense don José del Prado y Palacios. El proyecto corrió en gran parte a cargo del arquitecto A. Flores Urdapilleta. La portada preside el patio del Museo en eje con la del Pósito (siglo XVI), colocada en el exterior del edificio.

La historiografía tradicionalmente ha vinculado esta portada de San Miguel con Andrés de Vandelvira. Quizás de los primeros investigadores en hacerlo fue el deán Mazas en 1794: “Las iglesias de parroquias se hallan en aquel pobre estado de su fundación, excepto alguna portadita arreglada que se añadió después como la de San Miguel por mano, o dirección de Vandelvira (...)”. Aunque se desconocen, hasta el momento, referencias documentales sobre el encargo, la formulación arquitectónica apunta directamente como autoría de Andrés de Vandelvira.

Según reza en la propia portada, esta se labró entre los años 1560 y 1561, siendo prelado de la diócesis don Diego de los Cobos, promotor del Hospital de Santiago en Úbeda, trazado y dirigido por Andrés de Vandelvira. La portada de San Miguel es una de las más claras piezas de Vandelvira, cuyo diseño de inspiración siloesca ya fue desarrollado en el cuerpo inferior de la portada de los pies de el Salvador de Úbeda; su esquema compositivo de un solo cuerpo (repetido en la portada de San Nicolás de Úbeda y San Juan Evangelista de Mancha Real) está formado a base de un arco de medio punto flanqueado por pares de columnas corintias sobre pedestales con nichos avenerados en los intercolumnios, que se mantendrá hasta mediados del siglo XVII dentro de lo que se ha venido en llamarse la escuela vandelviriana; en el entablamento corre la siguiente inscripción: “Esta portada se acabó en el año 1561 siendo obispo de Jaén él muy Ilmo. y reverendísimo Sr. D. Diego de los Cobos”; se completa con una hornacina para albergar el santo titular y diversos elementos geométricos, igualmente muy vandelvirianos.

Se trata de una iglesia de origen gótico, y en su interior destacan entre otros aspectos importantes: sus altas dimensiones, los arcos apuntados y las bóvedas de tipo sexpartitas con que se cubre su nave central; así como un artesonado profusamente decorado que se encuentra bajo el coro. Al exterior presenta un magnífico conjunto arquitectónico donde sobresale su robusta torre, de cuerpo superior de campanas ochavado sobre otros de base cuadrada y sección decreciente, rematada por los clásicos jarrones de piedra en esquina y un puntiagudo chapitel; el cuerpo general de la iglesia realizado en piedra de gran belleza cromática; y tres portadas, de ellas la más interesante, la situada en su fachada sur, de bella factura plateresca, fechada en el año 1530, con tres hornacinas cobijadas por un tejadillo entre contrafuertes y un pequeño rosetón superior.

Alberga en su interior un grandioso retablo, obra de Francisco Palma Burgos. También destacan el púlpito, el coro y la pila bautismal de mediados del siglo XVIII. Pero sus elementos más importantes es el Sagrario, una de las joyas del arte sacro de la provincia de Jaén, data del siglo XVII, construido en madera de ébano, marfil, plata y concha de carey, y compuesto por templete con cúpula barroca enmarcado por cuatro columnas de concha con capiteles y basamentos de plata

La completa un campanario, simulando una espadaña, colocado en el muro que une la cabecera con el resto del cuerpo del templo, cerrando la lonja que bordea la única nave. En su interior se adapta a la forma de cruz latina y cuenta con un retablo de origen renacentista y una pila bautismal de mármol blanco a la que sus feligreses tienen en gran estima.

Esta iglesia muestra varias fases constructivas entre los siglos XVI y XVIII, terminándose en el año 1928. Se empezó a construir en el s. XVI por Andrés de Vandelvira responsable según todas las fuentes del trazado de la iglesia. Luego parece que las obras se interrumpieron en 1575, posiblemente por la muerte del arquitecto. Las obras se volvieron a emprender en 1614 por iniciativa del cardenal Baltasar Moscoso.
Es de estilo renacentista andaluz, de la escuela de Vandelvira. La torre y el sotocoro los edificó Eufrasio López de Rojas. En su largo proceso constructivo intervinieron los grandes maestros que en esas fechas trabajaban en la provincia: Andrés de Vandelvira, Juan de Aranda, Eufrasio López de Rojas y Ventura Rodríguez. El interior es de planta de salón con tres naves, cubierta la central con bóvedas semiesféricas y baídas las laterales. Las pinturas al fresco en la bóveda izquierda del crucero (siglos XVI-XVII) se reconocen San Esteban, San Sebastián, San Lorezno, San Antonio, San Nicolás, San Lucas y Santa Águeda. 
La reorganización del espacio interno la planteó Juan de Aranda, construida en el siglo XVII, diseñando un coro en alto para aprovechar el amplio hueco que quedaba entre los estribos, también realizó la Portada principal: Manierista tanto en su concepto como en ornamentación, labrada en piedra y estructurada a modo de retablo. Sus elementos más llamativos son el arco de medio punto que abre la puerta, las dobles columnas que la flanquean, los motivos ornamentales como punta de diamante o los estructurales como pilastras y frontones partidos semicirculares.
A partir de 1670 López de Rojas obró el coro, cubrió el sotocoro con bóvedas de cañón con lunetos y trazó la torre, otro de los referentes destacados del templo. Su base cuadrangular y primer cuerpo, carente de decoración, lo apuntalan fuertes estribos. En 1775 se haría cargo de levantar el segundo cuerpo de la torre, Ventura Rodriguez. Bóveda del crucero, con pinturas que representan a los Evangelistas y a los Padres de la Iglesia, y una inscripción que reza: "Acabóse año de mil seiscientos veintiocho, siendo Sumo Pontífice Urbano VIII, reinando Filipo IV, siendo Obispo de Jaén el Cardenal Sandobal i Moscoso, prior el Doctor Martín Láñez Dávila y obrero El Mº Antonio Cobos"
Se conserva un fragmento del retablo original del altar mayor (siglo XVII) de Gil Fernández y Diego de Landeras, en la sacristía.
Fue declarada Monumento Histórico en 1983

En la primera mitad del siglo XVII se cubrió el presbiterio y se reestructuró la capilla mayor y, en el siglo XVIII se reparó el interior y se remodeló el campanario.

Su planta es muy alargada y de una sola nave dispuesta en tres tramos desiguales: El presbiterio, también alargado, cubierto con bóveda de cañón con lunetos; un espacio anterior, un poco más ancho cubierto con bóveda de aristas y flanqueado lateralmente por capillas hornacinas; el tercer tramo, está centralizado y se cubre con bóveda de media naranja sobre pechinas. En el altar mayor el pintor linarense Francisco Baños, en 1961 pintó un mural al fresco en su línea pictórica esquemática y geometrizante.

Los elementos más significativos de la fachada son:

La portada con un sencillo arco de medio punto con dovelas trapezoidales y en el cuerpo superior, una hornacina con columnas dóricas - a sus lados, placas con puntas de diamante recortadas y pináculos en los extremos- entablamiento dórico y frontón triangular.

La torre del campanario, presenta un primer cuerpo de planta cuadrada, y el segundo, de planta poligonal, rematada por un volumen cónico cubierto con teja árabe.

En Esta Iglesia se da culto a San Juan Bautista, patrón de la Villa, cuya talla poli cromada es obra del escultor santistebeño Jacinto Higueras (1940 aproximadamente). Es de estilo clásico, con proporciones armónicas y perfectas.

Una de las piezas más importantes y valiosas que se conservan en esta iglesia es una cruz de plata adornada con bajorrelieves que representan por una cara el Viejo y por otra el Nuevo Testamento.

Del 24 al 29 de junio se celebran las fiestas en honor a San Juan Bautista. Dentro de los actos lúdicos sobresalen “los encierros”, costumbre en la que los mozos corren por las calles del pueblo reses bravas hasta la plaza de toros, desde tiempo inmemorial. Por la tarde del día 24 de junio el Santo Patrón pasea por las calles del pueblo hasta llegar a la plaza de toros, al compás de pasodobles, para dar la vuelta al ruedo a modo de bendición y beneplácito de los actos populares preparados en su honor

Se dedicó a San Juan Bautista y el primer clérigo que la sirvió fue Miguel de Biedma. Durante el siglo XVII se experimentó la necesidad de ampliar aquel reducido templo, e incluso el insigne arquitecto Eufrasio López de Rojas llegó a realizar un sencillo proyecto, que no se llevó a cabo por falta de medios.

En mayo de 1785 el viceprior y mayordomo de fábrica D. Manuel de Arredondo solicitó la reforma y ampliación del templo dado su mal estado. En junio de aquel año, el maestro de obras Ramón Maroto emitió un detallado informe sobre las obras precisas para asegurar la zona antigua y ampliar el templo. Su costo se estimaba en 11.718 reales.

Autorizadas las obras, la comenzó el arquitecto Miguel de Aranderas, que en aquel momento era uno de los más acreditados de Jaén. En los trabajos intervinieron, entre otros, los canteros Agustín Peinado, Manuel Caballero, Juan de Armenteros, Juan de Ortega y Pedro Caballero las obras se realizaron con lentitud interrumpiéndose varias veces. El nuevo templo se abrió al culto en 1798. En 1829 volvió a ser objeto de alguna remodelación que dirigió el arquitecto jiennense D. Manuel Paedilla. En los sucesos de la Guerra Civil, la parroquia fue incautada el 3 de agosto de 1936 procediéndose a su desmantelamiento y perdiendo su reducido pero interesante patrimonio mueble.

En líneas generales conserva su primitiva disposición típica de la arquitectura religiosa manierista: una sola nave con reducidas capillas hornacinas marcadas en los muros; breve crucero cubierto con cúpula de media naranja; capilla abierta en el lateral para Nuestra Señora de los Dolores y coro a los pies del templo.

Conserva imágenes de Jacinto Higueras (Virgen del Rosario y Nuestro Padre Jesús) y una reducida pero selecta colección de orfebrería. La fachada principal es muy sencilla y sus líneas guardan armonía con la de la cercana Casa Consistorial.