Construida en mampostería revocada y pintada, su sencilla fachada, de reducidas dimensiones, habla un lenguaje clasicista: una ligera escalinata enfatiza la puerta de acceso, compuesta por un arco de medio punto sobre impostas, flanqueado por pilastras toscanas, que dan paso a un entablamento terminado en un frontón triangular con óculos a cada uno de sus lados. Sobre la cornisa de este primer cuerpo se alza una airosa espadaña, de estructura piramidal en tres niveles, con pinaculillos en los extremos y huecos de medio punto para campanas. La espada subraya su jerarquía convirtiéndola en el edificio más alto de la plaza. 

En su interior presenta una sola nave de cajón, cubierta con bóveda de medio cañón y lunetos dobles a los lados. El presbiterio se abre con un arco toral y también se observan hornacinas formadas por columnas toscanas, entablamento y frontón triangular. Este espacio se cubre con bóveda de aristas y se ilumina con dos grandes ventanales en forma de óculos. La cabecera la preside la imagen escultórica de la patrona, Santa Elena, entre columnas dóricas que soportan un entablamento y un frontón curvo.

La ausencia de autonomía política, la inexistencia de una nobleza o burguesía local, y la falta de recursos económicos, hizo que el proyecto de levantar una iglesia parroquial consagrada a San Pedro ad Víncula se fuera postergando hasta bien entrado el siglo XIX y necesitara remodelaciones todavía a finales del XX.

La iglesia se levantó sobre una vieja ermita y el antiguo cementerio, situado junto a ella. Fue a partir de la década de 1860-70 cuando se impulsaron las obras del templo siguiendo el proyecto de Vicente Serrano y de cuya ejecución se ocuparía José María de Cuenca.

Consta de una sola nave, articulada por tramos, con cabecera curva y planta irregular por la anexión de espacios para capillas en el lateral del Evangelio. Cercano a los pies se encuentra el coro y, simétricamente diseñadas, dos escaleras de caracol. Se cubre con teja árabe a dos aguas y presenta una altura menor incluso que la de las casas que tiene anexionadas.

Su actual portada no se ajusta a la trazada en 1860, que presentaba un aire pseudo clasicista, un estrecho hueco de entrada y un frontón que nacía de la línea del tejado; se cambió por una entrada adintelada más sencilla, funcional y de menor empaque. La torre, ubicada en un lateral del presbiterio, presenta una estructura cuadrada en la que también se ha sustituido su chapitel inicial por una esbelta linterna que le da un aire un tanto exótico. La fachada, encalada, está reforzada por pequeños contrafuertes. En 1993 Luis Alonso Salcedo restauró la torre dándole el aire ecléctico que actualmente presenta y dirigió asimismo las obras del presbiterio y de la capilla de la Virgen de los Remedios.

La iglesia, a pesar de sus generosas dimensiones, se organizó a partir de una sola nave, dividida en dos tramos, con cubierta de bóveda de medio cañón que descarga sobre arcos fajones. En su exterior se observa un aire neo clasicista. La portada principal es de cantería. La torre, de aspecto achatado, se añadió posteriormente.

Según F. Escolano Gómez, el 14 de mayo de 1565, Pedro Hernández de Baeza, prior de la iglesia parroquial de San Andrés, rinde cuentas por mandato del obispo Diego de los Cobos, del cargo y descargo de la fábrica de los años 1562 a 1564; en el descargo del año 1564 se le pagan a Andrés de Vandelvira 3.740 maravedís “(...) por la traça de la capilla mayor que hizo (...)”; consta además que la fábrica se prosiguió entre los años 1565 a 1570 y que en 1572 Alonso Barba, maestro del obispado, vino a ver la obra “(...) que hizo Miguel Ruiz, obrero de la Iglesia (...)”. Otros apuntes al respecto figuran en los años 1575, 1576 y 1577, estando en este último al frente de la maestría el cantero Juanes de Izpino o Azpino. En las cuentas de los años 1604-1610 hay constancia de una “... segunda obra de la capilla...”. Resulta difícil precisar en la actualidad los vestigios vandelvirianos conservados en dicha capilla mayor, ya que sufrió una importante intervención en siglo el XVII, amén de numerosas restauraciones posteriores.

En cualquier caso queda documentada su participación en el proceso constructivo de esta monumental iglesia gótica, cuyo inicio cabe situar bajo el mandato del prelado don Alonso Suárez de la Fuente el Sauce (1500.1520), cuyos escudos campean en la delicada portada plateresca abierta en el lado Este. Contigua a ella se alza una espléndida torre de campanas, con bella crestería plateresca, levantada en tiempos del obispo don Gabriel Esteban Merino (1523-1535). Digna de destacar es también la portada Oeste, labrada por mandato del obispo don Diego Tavera (1555-1560). No conserva el templo en su interior la original techumbre de madera, de la que tan solo queda una parte a nivel del coro. La importancia de esta iglesia para la ciudad de Baeza es debida, al margen de lo artístico, a que en ella se veneran los Patronos locales, San Andrés Apóstol y Nuestra Señora del Alcázar.

OTRAS MANIFESTACIONES ARTÍSTICAS NO ARQUITECTÓNICAS.

Preside la capilla mayor un bello retablo, que en opinión de la profesora Luz de Ulierte es “(...) uno de los mejor tallados, poli cromados y dorados de toda la diócesis, tanto su arquitectura como sus esculturas (...)”. Estilísticamente se inserta dentro del círculo de Sebastián de Solís y Gil Fernández, aunque realizado por los hermanos Blas y Juan de León, entre 1629 y 1633. El programa iconográfico está conformado por los doce Apóstoles, Cristo Crucificado con la Virgen y San Juan. En el camarín, la Virgen del Alcázar, patrona de la ciudad, es talla gótica, aunque reformada en el siglo XVIII. A los pies del templo son destacables la sillería de coro y un lienzo de la Divina Pastora en la capilla bautismal, piezas del siglo XVIII. Dieciochesca es también una bella Inmaculada Concepción. En la sacristía se conservan nueve tablas procedentes de un retablo de la desaparecida Colegiata, atribuidas al pintor Francisco Sánchez en las últimas décadas del siglo XV. En ellas se representan el Nacimiento, la Adoración de los Magos, la Circuncisión, la Presentación de Jesús en el templo, la última Cena, el Prendimiento, El Calvario, la Ascensión de Jesús y la Asunción de la Virgen.

Su portada que coincide con la nave central se eleva verticalmente con una puerta adintelada que va precedida de unas escalinatas, y, sobre ella, en el mismo eje, una estilizada ventana con arco de medio punto. Presenta también otra ventana circular resaltada igualmente respecto al muro, y, cerrando, en lo alto, la fachada principal, una pequeña cruz de piedra, que marca el eje central. La supera en altura la torre, de base cuadrada, situada a la derecha de nuestra vista, con tres cuerpos separados por dos cornisas y esquinas reforzadas, y en el campanario, grandes huecos con arcos de medio punto y tejas a cuatro aguas. Para visitar: horario de culto.

En su exterior exhibe una encomiable dignidad y singularidad a pesar de la sencillez constructiva y de las limitaciones presupuestarias. La portada principal se levanta sobre una pequeña escalinata y queda enfatizada por la torre del campanario de la iglesia, sobre la que curiosamente se ubica en su primer cuerpo. Su disposición es, sin embargo, la tradicional: arco de medio punto con filetes en las impostas, enmarcado por columnas corintias simétricamente moduladas que se levantan sobre pedestales que, a su vez, dan perspectiva de profundidad a la portada y sostienen el entablamento, cuyo friso contiene un texto epigráfico. La remata un frontón triangular con saliente sostenido por ménsulas. Lo más significativo, sin duda, es el bucráneo manierista del segundo cuerpo de la torre, una especie de máscara ornamental con guirnaldas, inspirada en los dibujos de Serlio, que denota muy a las claras la autoría de Francisco del Castillo. El tercer cuerpo acoge las campanas y termina en forma de chapitel. Presenta otra portada sobre un muro de mampostería, escasamente decorado, en el lado oeste, con pilastras adosadas y arco de medio punto con frontón triangular. Repite el esquema en un segundo cuerpo, a pequeña escala, para acoger una hornacina con la imagen en piedra de la Virgen. La iglesia fue declarada en 1994 Bien de Interés Cultural.