Tras la conquista de la ciudad en 1246 por Fernando III el Santo su uso continuó durante los primeros años de dominio cristiano. Será entre los siglos XIV y XV cuando desaparezca su función como baño al establecer los cristianos en sus salas unas tenerías. Muestra de ello son los restos de sus instalaciones que aún se conservan en las Salas Templada y Caliente.
A finales del Siglo XVI don Fernando de Torres y Portugal, Conde de Villardompardo y Virrey del Perú, edificó su Palacio sobre los Baños, quedando parte de ellos ocultos entre los cimientos y sótanos, permaneciendo de esta forma durante los siglos XVIII y XIX.
A principios del siglo XX, el Palacio pasa a formar parte del patrimonio inmobiliario de la Diputación Provincial de Jaén, institución que, entre 1901 y 1903, libera el espacio de varias casas adyacentes al inmueble con el fin de construir una Capilla para el Hospicio de Mujeres. Estas obras debieron afectar a los restos que aún quedaban de los baños.
En 1913, durante la inspección de la fábrica del Palacio de Villardompardo con motivo de la realización del Catálogo Monumental de Jaén, fue descubierta una pequeña parte de los Baños por don Enrique Romero de Torres.
Apenas cuatro años más tarde, fueron visitados por el Catedrático de Arqueología don Manuel Gómez Moreno, quien, una vez tomados los datos oportunos, propuso el inmueble como Monumento Nacional. Dicha propuesta fue aceptada y en 1931 los restos son declarados Monumento Nacional con el número de Registro General 528.
En 1936 comienzan las obras de restauración bajo la dirección de don Leopoldo Torres Balbás y su compañero, el arquitecto jiennense don Luis Berges Martínez. No obstante, estas obras se verían interrumpidas por el comienzo de la Guerra Civil.
No será hasta 1970 cuando la Dirección General de Bellas Artes encargue el primer proyecto de restauración de los Baños al arquitecto don Luis Berges Roldán, hijo del anterior. A este proyecto inicial se suceden otro seis más en años sucesivos, los dos últimos en 1980 y 1982, en convenio con la Diputación Provincial de Jaén. Gracias a los trabajos fueron descubiertas la mayor parte de las Salas que hoy pueden contemplarse.
Finalizada las obras en 1984, la Asociación Europa Nostra otorgó la Medalla de Honor de ese año a la restauración de los Baños Árabes.
Las Salas que componen los Baños Árabes son:
Vestíbulo (al-bayt al-maslaj)
El vestíbulo de ingreso es una sala transversal de 14 metros de longitud por 3,80 metros de anchura, con alcobas en ambos extremos separadas del resto de la sala por arcos de herradura sobre medias columnas, esquema que se irá repitiendo en todas las demás salas. A ambos lados de la entrada se ubican sendas tacas.
La sala está cubierta por bóveda de medio cañón y cuenta con 18 luceras estrelladas.
El suelo estuvo revestido de mármol blanco y las paredes enlucidas y pintadas con decoración de arquerías en color rojo sobre fondo blanco.
Sala Fría (al-bayt al-barid)
Contigua y muy similar a la anterior aunque de menor tamaño (11,4 m x 3,50 m.), esta sala también está cubierta por bóveda de medio cañón en la que se sitúan 12 luceras. La alcoba situada en el extremo derecho está cubierta con cúpula con 5 luceras.
Sala Templada (al-bayt al-wastani)
Consiste en un gran salón cuadrado de 11,30 m x 11,30 m que, a su vez, encierra otro cuadrado central, este cubierto por una gran cúpula de casquete semiesférico sobre pechinas.
La cúpula no descansa sobre muros macizos sino sobre arcos de herradura soportados por ocho columnas. En las cuatro esquinas del gran salón quedan otras cuatro cúpulas menores, y los espacios restantes se cubren con cuatro bóvedas de medio cañón con 3 luceras en cada una de ellas.
Esta gran sala da paso, mediante dos arcos de herradura, a otra sala de 11,30 m x 2,80 m que preside todo el conjunto y que está cubierta mediante bóveda de medio cañón; teniendo, sendas alcobas en los extremos cubiertas con cúpulas con luceras.
Sala Caliente (al-bayt al-sajum)
Con unas dimensiones de 15,90 m de longitud por 3,30 m de anchura, la sala caliente es muy similar a las salas anteriores. Está cubierta con bóveda de medio cañón con 15 luceras y con sendas alcobas en los extremos con 5 luceras cada una de ellas. Esta sala está situada junto a las calderas donde se calentaba el agua. Sus muros están recorridos por chimeneas ocultas por las que circulaba el aire caliente.
En el centro de la sala, un gran arco abocinado la separa del lugar donde estaba la caldera. A ambos lado de este arco central, dos pequeñas estancias, contienen: una, un baño cuadrado de asiento y la otra, dos tinajas.
Bajo su suelo de piedra, toda la estancia está hueca: numerosos pequeños pilares de ladrillo lo soportan, permitiendo que circule el aire caliente que, por su tendencia natural, sube y se adhiere al suelo, calentándolo.
Juan Eslava Galán hace continua mención a ambos espacios en Los Templarios y la Mesa de Salomón.
(…) En el centro del barrio de la Magdalena, rodeada de los lugares iniciáticos del antiguo santuario matriarcal, frente al palacio de los condes de Villardompardo, vástagos de la familia Torres, en cuyos sótanos pueden visitarse los baños árabes donde murió el rey moro (…)
Los Templarios y la Mesa de Salomón. Capítulo 27.
En el mismo edificio que compone el palacio de Villardompardo también se encuentran el Museo Internacional de Arte Naïf “Manuel Moral”, primero y único de España especializado en este arte; y el Museo de Artes y Costumbres Populares de Jaén.
En la plaza frente al palacio, también existe un elemento que para Juan Eslava Galán tiene mucho interés en sus investigaciones sobre los templarios: la fuente del pato.
(…) en la plaza de Santa Luisa de Marillac (…). En el centro, emergiendo del agua quieta, un pilar octogonal (tan frecuente en la construcción templaria y calatrava) sostiene una semiesfera (la piedra de la Diosa Madre) sobre la que se yergue una oca con sus patas de palmípeda extendidas sobre la piedra. (…). Recordemos que la oca es uno de los símbolos principales de los cultos matriarcales del santuario (…)
Los Templarios y la Mesa de Salomón. Capítulo 26.
