Après la conquête de la ville en 1246 par Ferdinand III le Saint, son utilisation se poursuivit pendant les premières années de la domination chrétienne. Ce sera entre le XIVe et le XVe siècle que sa fonction de bain disparaît lorsque les chrétiens installent des tanneries dans ses salles. Preuve en est les vestiges de ses installations encore conservés dans les Salles Tempérées et Chaudes. À la fin du XVIe siècle, Don Fernando de Torres y Portugal, comte de Villardompardo et vice-roi du Pérou, construisit son palais sur les thermes, en laissant une partie cachée entre les fondations et les sous-sols, et le resta ainsi pendant les XVIIIe et XIXe siècles. Au début du XXe siècle, le palais fait partie du patrimoine immobilier de la Députation Forale de Jaén, une institution qui, entre 1901 et 1903, libère l'espace de plusieurs maisons attenantes à la propriété pour construire une chapelle pour l'Hospice des Femmes. Ces travaux ont dû affecter les vestiges qui subsistaient encore des salles de bains. En 1913, lors de l'inspection de l'usine Palacio de Villardompardo pour la préparation du Catalogue Monumental de Jaén, une petite partie des Thermes fut découverte par Don Enrique Romero de Torres. À peine quatre ans plus tard, ils ont reçu la visite du professeur d'archéologie, M. Manuel Gómez Moreno, qui, une fois les données appropriées recueillies, a proposé le bien comme monument national. Cette proposition fut acceptée et en 1931 les vestiges furent déclarés monument national avec le numéro d'enregistrement général 528. En 1936, les travaux de restauration commencèrent sous la direction de M. Leopoldo Torres Balbás et de son associé, l'architecte de Jaén, M. Luis Berges Martínez. Cependant, ces travaux seront interrompus par le début de la guerre civile. Il faudra attendre 1970 pour que la Direction Générale des Beaux-Arts confie le premier projet de restauration des Thermes à l'architecte Luis Berges Roldán, fils du précédent. Ce projet initial a été suivi de six autres années successives, les deux derniers en 1980 et 1982, en accord avec la Députation Forale de Jaén. Grâce aux travaux, la plupart des salles visibles aujourd'hui ont été découvertes. Une fois les travaux terminés en 1984, l'association Europa Nostra décerne cette année-là la Médaille d'Honneur à la restauration des Bains Arabes. Les salles qui composent les Bains Arabes sont : Hall (al-bayt al-maslaj) Le hall d'entrée est une pièce transversale de 14 mètres de long sur 3,80 mètres de large, avec des chambres aux deux extrémités séparées du reste de la pièce par des arcs en fer à cheval sur demi-colonnes, un schéma qui sera repris dans toutes les autres pièces. Des deux côtés de l’entrée se trouvent deux blocs. La salle est couverte par une voûte en berceau et dispose de 18 lumières étoilées. Le sol était recouvert de marbre blanc et les murs étaient enduits et peints d'un décor d'arcs rouges sur fond blanc. Chambre froide (al-bayt al-barid) Attenante et très semblable à la précédente bien que de plus petite taille (11,4 mx 3,50 m.), cette pièce est également couverte par une voûte en demi-berceau dans laquelle se trouvent 12 fenêtres. La chambre située à l'extrême droite est recouverte d'une coupole à 5 lumières. Pièce tempérée (al-bayt al-wastani) Il se compose d'une grande salle carrée mesurant 11,30 mx 11,30 m qui, à son tour, renferme une autre place centrale, celle-ci recouverte d'une grande coupole avec une calotte hémisphérique sur pendentifs. La coupole ne repose pas sur des murs solides mais sur des arcs en fer à cheval soutenus par huit colonnes. Aux quatre coins de la grande salle se trouvent quatre autres coupoles plus petites, et les espaces restants sont couverts de quatre voûtes en demi-berceau avec 3 fenêtres dans chacune d'elles. Cette grande salle cède la place, par deux arcs en fer à cheval, à une autre salle de 11,30 m x 2,80 m qui préside l'ensemble de l'ensemble et est couverte par une voûte en demi-berceau ; ayant deux chambres aux extrémités couvertes de coupoles avec fenêtres. Chambre chaude (al-bayt al-sajum) Avec des dimensions de 15,90 m de long sur 3,30 m de large, la salle chaude est très similaire aux salles précédentes. Elle est couverte d'une voûte en demi-berceau percée de 15 fenêtres et de deux chambres aux extrémités comportant chacune 5 fenêtres. Ce local est situé à côté des chaudières où l'eau était chauffée. Ses murs sont recouverts de cheminées cachées par lesquelles circulait de l'air chaud. Au centre de la pièce, une grande arche évasée la sépare de l'endroit où se trouvait la chaudière. De part et d'autre de cet arc central, deux petites pièces contiennent : l'une, un bain de siège carré et l'autre, deux jarres. Sous son sol en pierre, toute la pièce est creuse : de nombreux petits piliers en brique la soutiennent, laissant circuler l'air chaud qui, de par sa tendance naturelle, monte et adhère au sol, le réchauffant. Juan Eslava Galán mentionne continuellement les deux espaces de Los Templarios et de La Table de Salomón. (…) Au centre du quartier de la Magdalena, entouré des lieux d'initiation de l'ancien sanctuaire matriarcal, devant le palais des comtes de Villardompardo, descendants de la famille Torres, dans les sous-sols desquels vous pourrez visiter les bains arabes où mourut le roi maure (…) Les Templiers et la Table de Salomon. Chapitre 27. Dans le même bâtiment qui compose le palais Villardompardo se trouve également le Museo Internacional de Arte Naïf « Manuel Moral », le premier et le seul en Espagne spécialisé dans cet art ; et le Museo de Artes y Costumbres Populares de Jaén. Sur la place devant le palais, il y a aussi un élément qui intéresse beaucoup Juan Eslava Galán dans ses recherches sur les Templiers : la fontaine aux canards. (…) sur la place Santa Luisa de Marillac (…). Au centre, émergeant de l'eau calme, un pilier octogonal (si courant dans la construction templière et calatrava) soutient un hémisphère (la pierre de la Déesse Mère) sur lequel se dresse une oie avec ses pattes palmipèdes étendues sur la pierre. (…). Rappelons que l'oie est l'un des principaux symboles des cultes matriarcaux du sanctuaire (...) Les Templiers et la Table de Salomon. Chapitre 26.