L'église, à partir de 1534, est la première grande église construite par Vandelvira et de là il est parti deux ans plus tard à Ubeda où François des Cobos lui avait demandé d'exécuter la chapelle sacrée d'El Salvador. L'église a été achevée au 18ème siècle bien que la crevette du Christ du Veracruz date du 18ème siècle.

Dans la légèreté des dômes et dans leur composition, les éléments sont intuités qui seront présents dans leur élément architectural le plus représentatif, le dôme disparu. Les peintures qui couvrent les dômes du vaisseau central datent de 1575, l'œuvre de Pedro Raxis représentant les scènes de l'Ancien Testament et la Passion du Christ.

On peut imaginer Vandelvira et ses assistants pendant les premières années de la construction de cette église, de grands échafaudages en bois, le bruit des carrières, des piles de pierre à transformer en fauteuils et les caleros vendant de la chaux pour l'argamase. Sans aucun doute, l'image la plus curieuse devrait être la perplexité des personnes âgées, voyant de si minces piliers sur les côtés d'un grand navire central, rien à voir avec les églises de la région, ou le sanctuaire récité de la Vierge de Fuensanta, dans la Villanueva voisine de l'archevêque.