Le musée archéologique se compose de trois salles, une première salle dédiée à la Préhistoire, où vous pouvez observer tous les restes matériels du Paléolithique, du Mésolithique, du Néolithique, du Calcolytique et de l'âge des métaux.
Le contenu des vitrins dans cette salle sont très riches, dans une première découverte de, restes lytiques du Paléolithique moyen comme Proto-Bifaces à flèches argariques de type "Palmeta", déjà fait dans le temps des métaux. Dans cette pièce vous pouvez voir la reconstruction d'une grotte paléolithique et d'une Cabine Néolithique, qui devient le pari didactique de cette pièce.
La deuxième salle est dédiée à l'histoire, depuis les peuples colonisateurs jusqu'à l'époque moderne, mettant en évidence un échantillon important de restes épigraphiques ibériques, romains et musulmans, ainsi qu'une collection étendue et très complète de numomatiques. A cela s'ajoute toutes sortes d'artefacts en céramique, en verre et en marbre qui font de cette salle le plus complet du musée. Dans cette salle il est également engagé à l'interprétation des monuments archéologiques, dans ce cas la reconstruction à échelle réelle de la Plaza Principesca de la Necópolis de Piquía, une tombe de dimensions importantes dans laquelle un jacuaire funéraire éminent a été trouvé, parmi lesquels un total de 7 navires en céramique, dont 4 ont été restaurés par l'équipe des archéologues du Centre Andalousie Archéologie de l'Université de Jaén.
La troisième salle est dédiée à deux personnages illustres de l'histoire d'Arjona, El Rey Alhamar et Helvia Paulina, tous deux nés dans la ville, qui ont été très importants dans leurs périodes musulmanes et romaines respectives. Cette salle est complétée par une salle audiovisuelle, qui est née dans le but de compléter les activités prévues par le musée pour le visiteur.